Artículo de revista
Ancestral diversity improves discovery and fine-mapping of genetic loci for anthropometric traits-The Hispanic/Latino Anthropometry Consortium
La diversidad ancestral mejora el descubrimiento y el mapeo fino de loci genéticos para rasgos antropométricos-The Hispanic/Latino Anthropometry Consortium
Registro en:
2666-2477
10.1016/j.xhgg.2022.100099
0U4UW
3539958+
WOS:000787647900014
Autor
Fernandez-Rhodes, Lindsay
Graff, Mariaelisa
Buchanan, Victoria L.
Justice, Anne E.
Highland, Heather M.
Guo, Xiuqing
Zhu, Wanying
Chen, Hung-Hsin
Young, Kristin L.
Adhikari, Kaustubh
Palmer, Nicholette D.
Butte, Nancy F.
Cole, Shelley A.
Comuzzie, Anthony G.
Voruganti, V. Saroja
Rohde, Rebecca
Wang, Yujie
Sofer, Tamar
Ziv, Elad
Grant, Struan F. A.
Ruiz-Linares, Andres
Below, Jennifer E.
Rotter, Jerome, I
Haiman, Christopher A.
Parra, Esteban J.
Cruz, Miguel
Loos, Ruth J. F.
North, Kari E.
Bradfield, Jonathan
Pereira, Alexandre C.
Glover, LaShaunta
Kim, Daeeun
Lilly, Adam G.
Shrestha, Poojan
Thomas, Alvin G.
Zhang, Xinruo
Chen, Minhui
Chiang, Charleston W. K.
Pulit, Sara
Horimoto, Andrea
Krieger, Jose E.
Guindo-Martinez, Marta
Preuss, Michael
Schumann, Claudia
Smit, Roelof A. J.
Torres-Mejia, Gabriela
Acuna-Alonzo, Victor
Bedoya, Gabriel
Bortolini, Maria-Catira
Canizales-Quinteros, Samuel
Gallo, Carla
Gonzalez-Jose, Rolando
Poletti, Giovanni
Rothhammer, Francisco
Hakonarson, Hakon
Igo, Robert
Adler, Sharon G.
Iyengar, Sudha K.
Nicholas, Susanne B.
Gogarten, Stephanie M.
Isasi, Carmen R.
Papnicolaou, George
Stilp, Adrienne M.
Qi, Qibin
Kho, Minjung
Smith, Jennifer A.
Langefeld, Carl D.
Wagenknecht, Lynne
Mckean-Cowdin, Roberta
Gao, Xiaoyi Raymond
Nousome, Darryl
Conti, David, V
Feng, Ye
Allison, Matthew A.
Arzumanyan, Zorayr
Buchanan, Thomas A.
Chen, Yii-Der Ida
Genter, Pauline M.
Goodarzi, Mark O.
Hai, Yang
Hsueh, Willa
Ipp, Eli
Kandeel, Fouad R.
Lam, Kelvin
Li, Xiaohui
Nadler, Jerry L.
Raffel, Leslie J.
Roll, Kathryn
Sandow, Kevin
Tan, Jingyi
Taylor, Kent D.
Xiang, Anny H.
Yao, Jie
Audirac-Chalifour, Astride
Peralta Romero, Jose de Jesus
Hartwig, Fernando
Horta, Bernando
Blangero, John
Curran, Joanne E.
Duggirala, Ravindranath
Lehman, Donna E.
Puppala, Sobha
Fejerman, Laura
John, Esther M.
Aguilar-Salinas, Carlos
Burtt, Noel P.
Florez, Jose C.
Garcia-Ortiz, Humberto
Gonzalez-Villalpando, Clicerio
Mercader, Josep
Orozco, Lorena
Tusie-Luna, Teresa
Blanco, Estela
Gahagan, Sheila
Cox, Nancy J.
Hanis, Craig
Institución
Resumen
Hispanic/Latinos have been underrepresented in genome-wide association studies (GWAS) for anthropometric traits despite their notable anthropometric variability, ancestry proportions, and high burden of growth stunting and overweight/obesity. To address this knowledge gap, we analyzed densely imputed genetic data in a sample of Hispanic/Latino adults to identify and fine-map genetic variants associated with body mass index (BMI), height, and BMI-adjusted waist-to-hip ratio (WHRadjBMI). We conducted a GWAS of 18 studies/consortia as part of the Hispanic/Latino Anthropometry (HISLA) Consortium (stage 1, n = 59,771) and generalized our findings in 9 additional studies (stage 2, n = 10,538). We conducted a trans-ancestral GWAS with summary statistics from HISLA stage 1 and existing consortia of European and African ancestries. In our HISLA stage 1 + 2 analyses, we discovered one BMI locus, as well as two BMI signals and another height signal each within established anthropometric loci. In our trans-ancestral meta-analysis, we discovered three BMI loci, one height locus, and one WHRadjBMI locus. We also identified 3 secondary signals for BMI, 28 for height, and 2 for WHRadjBMI in established loci. We show that 336 known BMI, 1,177 known height, and 143 known WHRadjBMI (combined) SNPs demonstrated suggestive transferability (nominal significance and effect estimate directional consistency) in Hispanic/Latino adults. Of these, 36 BMI, 124 height, and 11 WHRadjBMI SNPs were significant after trait-specific Bonferroni correction. Trans-ancestral meta-analysis of the three ancestries showed a small-to-moderate impact of uncorrected population stratification on the resulting effect size estimates. Our findings demonstrate that future studies may also benefit from leveraging diverse ancestries and differences in linkage disequilibrium patterns to discover novel loci and additional signals with less residual population stratification. Los hispanos/latinos han estado subrepresentados en los estudios de asociación del genoma completo (GWAS) para rasgos antropométricos a pesar de su notable variabilidad antropométrica, proporciones de ascendencia y alta carga de retraso en el crecimiento y sobrepeso/obesidad. Para abordar esta brecha de conocimiento, analizamos datos genéticos densamente imputados en una muestra de adultos hispanos/latinos para identificar y mapear con precisión las variantes genéticas asociadas con el índice de masa corporal (IMC), la altura y la relación cintura-cadera ajustada por el IMC ( WHRadjIMC). Realizamos un GWAS de 18 estudios/consorcios como parte del Consorcio de Antropometría Hispana/Latina (HISLA) (etapa 1, n = 59 771) y generalizamos nuestros hallazgos en 9 estudios adicionales (etapa 2, n = 10 538). Realizamos un GWAS transancestral con estadísticas resumidas de la etapa 1 de HISLA y los consorcios existentes de ascendencia europea y africana. En nuestros análisis de la etapa 1 + 2 de HISLA, descubrimos un locus de IMC, así como dos señales de IMC y otra señal de altura, cada una dentro de los loci antropométricos establecidos. En nuestro metanálisis transancestral, descubrimos tres locus de IMC, un locus de altura y un locus de WHRadjBMI. También identificamos 3 señales secundarias para IMC, 28 para altura y 2 para WHRadjBMI en loci establecidos. Mostramos que 336 IMC conocidos, 1,177 altura conocida y 143 SNP WHRadjBMI (combinados) conocidos demostraron transferibilidad sugerente (significación nominal y consistencia direccional estimada del efecto) en adultos hispanos/latinos. De estos, 36 SNP de IMC, 124 de altura y 11 de WHRadjBMI fueron significativos después de la corrección de Bonferroni específica del rasgo. El metanálisis transancestral de las tres ascendencias mostró un impacto de pequeño a moderado de la estratificación de la población no corregida en las estimaciones del tamaño del efecto resultante. Nuestros hallazgos demuestran que los estudios futuros también pueden beneficiarse del aprovechamiento de diversos ancestros y diferencias en los patrones de desequilibrio de ligamiento para descubrir nuevos loci y señales adicionales con menos estratificación de población residual.