Ancestral diversity improves discovery and fine-mapping of genetic loci for anthropometric traits-The Hispanic/Latino Anthropometry Consortium

La diversidad ancestral mejora el descubrimiento y el mapeo fino de loci genéticos para rasgos antropométricos-The Hispanic/Latino Anthropometry Consortium

dc.contributorFernandez-rhodes@psu.edu; migraff@email.unc.edu
dc.contributorNIH [R01 CA063446, R01 CA077305]; Leverhulme Trust [F/07 134/DF]; Excellence Initiative of Aix-Marseille University -A*MIDEX; (French Investissements d'Avenir'' programme); National Natural Science Foundation of China [31771393]; Scientific and Technology Committee of Shanghai Municipality [18490750300]; Ministry of Science and Technology of China [2020YFE0201600]; Shanghai Municipal Science and Technology Major Project [2017SHZDZX01]; 111 Project [B13016]; BBSRC [BB/I021213/1]; American Heart Association [13PRE16100015]; AHA [13GRNT16490017, 15GRNT25880008, R01DK089256, R01DK101855]; Daniel B. Burke Endowed Chair for Diabetes Research; NEI [EY11753, UL1-TR-001881]; HTN-IR funding [HL-0697974]; DOD [RP9590546]; CBCRP [7PB-0068]; American Diabetes Association [1-19-ICTS-068, U01HG011723, R35GM142783]
dc.contributorLiu, Han https://orcid.org/0000-0002-5269-8477
dc.contributorChiang, Charleston W. K. https://orcid.org/0000-0002-0668-7865
dc.contributorGlover, LaShaunta https://orcid.org/0000-0002-7721-8169
dc.contributorGogarten, Stephanie https://orcid.org/0000-0002-7231-9745
dc.contributorCruz Lopez, Miguel https://orcid.org/0000-0001-9985-6172
dc.contributorFernandez-Rhodes, Lindsay https://orcid.org/0000-0001-6985-423X
dc.contributorBelow, Jennifer E. https://orcid.org/0000-0002-1346-1872
dc.contributorJustice, Anne https://orcid.org/0000-0002-8903-8712
dc.contributorChen, Minhui https://orcid.org/0000-0001-5684-2504
dc.contributorSmith, Jennifer Ann https://orcid.org/0000-0002-3575-5468
dc.contributorLilly, Adam https://orcid.org/0000-0002-3740-1540
dc.contributorparra, esteban J https://orcid.org/0000-0002-2057-8577
dc.contributorSofer, Tamar https://orcid.org/0000-0001-8520-8860
dc.contributorLoos, Ruth https://orcid.org/0000-0002-8532-5087
dc.creatorFernandez-Rhodes, Lindsay
dc.creatorGraff, Mariaelisa
dc.creatorBuchanan, Victoria L.
dc.creatorJustice, Anne E.
dc.creatorHighland, Heather M.
dc.creatorGuo, Xiuqing
dc.creatorZhu, Wanying
dc.creatorChen, Hung-Hsin
dc.creatorYoung, Kristin L.
dc.creatorAdhikari, Kaustubh
dc.creatorPalmer, Nicholette D.
dc.creatorButte, Nancy F.
dc.creatorCole, Shelley A.
dc.creatorComuzzie, Anthony G.
dc.creatorVoruganti, V. Saroja
dc.creatorRohde, Rebecca
dc.creatorWang, Yujie
dc.creatorSofer, Tamar
dc.creatorZiv, Elad
dc.creatorGrant, Struan F. A.
dc.creatorRuiz-Linares, Andres
dc.creatorBelow, Jennifer E.
dc.creatorRotter, Jerome, I
dc.creatorHaiman, Christopher A.
dc.creatorParra, Esteban J.
dc.creatorCruz, Miguel
dc.creatorLoos, Ruth J. F.
dc.creatorNorth, Kari E.
dc.creatorBradfield, Jonathan
dc.creatorPereira, Alexandre C.
dc.creatorGlover, LaShaunta
dc.creatorKim, Daeeun
dc.creatorLilly, Adam G.
dc.creatorShrestha, Poojan
dc.creatorThomas, Alvin G.
dc.creatorZhang, Xinruo
dc.creatorChen, Minhui
dc.creatorChiang, Charleston W. K.
dc.creatorPulit, Sara
dc.creatorHorimoto, Andrea
dc.creatorKrieger, Jose E.
dc.creatorGuindo-Martinez, Marta
dc.creatorPreuss, Michael
dc.creatorSchumann, Claudia
dc.creatorSmit, Roelof A. J.
dc.creatorTorres-Mejia, Gabriela
dc.creatorAcuna-Alonzo, Victor
dc.creatorBedoya, Gabriel
dc.creatorBortolini, Maria-Catira
dc.creatorCanizales-Quinteros, Samuel
dc.creatorGallo, Carla
dc.creatorGonzalez-Jose, Rolando
dc.creatorPoletti, Giovanni
dc.creatorRothhammer, Francisco
dc.creatorHakonarson, Hakon
dc.creatorIgo, Robert
dc.creatorAdler, Sharon G.
dc.creatorIyengar, Sudha K.
dc.creatorNicholas, Susanne B.
dc.creatorGogarten, Stephanie M.
dc.creatorIsasi, Carmen R.
dc.creatorPapnicolaou, George
dc.creatorStilp, Adrienne M.
dc.creatorQi, Qibin
dc.creatorKho, Minjung
dc.creatorSmith, Jennifer A.
dc.creatorLangefeld, Carl D.
dc.creatorWagenknecht, Lynne
dc.creatorMckean-Cowdin, Roberta
dc.creatorGao, Xiaoyi Raymond
dc.creatorNousome, Darryl
dc.creatorConti, David, V
dc.creatorFeng, Ye
dc.creatorAllison, Matthew A.
dc.creatorArzumanyan, Zorayr
dc.creatorBuchanan, Thomas A.
dc.creatorChen, Yii-Der Ida
dc.creatorGenter, Pauline M.
dc.creatorGoodarzi, Mark O.
dc.creatorHai, Yang
dc.creatorHsueh, Willa
dc.creatorIpp, Eli
dc.creatorKandeel, Fouad R.
dc.creatorLam, Kelvin
dc.creatorLi, Xiaohui
dc.creatorNadler, Jerry L.
dc.creatorRaffel, Leslie J.
dc.creatorRoll, Kathryn
dc.creatorSandow, Kevin
dc.creatorTan, Jingyi
dc.creatorTaylor, Kent D.
dc.creatorXiang, Anny H.
dc.creatorYao, Jie
dc.creatorAudirac-Chalifour, Astride
dc.creatorPeralta Romero, Jose de Jesus
dc.creatorHartwig, Fernando
dc.creatorHorta, Bernando
dc.creatorBlangero, John
dc.creatorCurran, Joanne E.
dc.creatorDuggirala, Ravindranath
dc.creatorLehman, Donna E.
dc.creatorPuppala, Sobha
dc.creatorFejerman, Laura
dc.creatorJohn, Esther M.
dc.creatorAguilar-Salinas, Carlos
dc.creatorBurtt, Noel P.
dc.creatorFlorez, Jose C.
dc.creatorGarcia-Ortiz, Humberto
dc.creatorGonzalez-Villalpando, Clicerio
dc.creatorMercader, Josep
dc.creatorOrozco, Lorena
dc.creatorTusie-Luna, Teresa
dc.creatorBlanco, Estela
dc.creatorGahagan, Sheila
dc.creatorCox, Nancy J.
dc.creatorHanis, Craig
dc.date2023-04-18T01:55:37Z
dc.date2023-04-18T01:55:37Z
dc.date2022
dc.date.accessioned2023-09-27T20:20:57Z
dc.date.available2023-09-27T20:20:57Z
dc.identifier2666-2477
dc.identifierhttps://repositorio.uta.cl/xmlui/handle/20.500.14396/2808
dc.identifier10.1016/j.xhgg.2022.100099
dc.identifier0U4UW
dc.identifier3539958+
dc.identifierWOS:000787647900014
dc.identifier.urihttps://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/8943795
dc.descriptionHispanic/Latinos have been underrepresented in genome-wide association studies (GWAS) for anthropometric traits despite their notable anthropometric variability, ancestry proportions, and high burden of growth stunting and overweight/obesity. To address this knowledge gap, we analyzed densely imputed genetic data in a sample of Hispanic/Latino adults to identify and fine-map genetic variants associated with body mass index (BMI), height, and BMI-adjusted waist-to-hip ratio (WHRadjBMI). We conducted a GWAS of 18 studies/consortia as part of the Hispanic/Latino Anthropometry (HISLA) Consortium (stage 1, n = 59,771) and generalized our findings in 9 additional studies (stage 2, n = 10,538). We conducted a trans-ancestral GWAS with summary statistics from HISLA stage 1 and existing consortia of European and African ancestries. In our HISLA stage 1 + 2 analyses, we discovered one BMI locus, as well as two BMI signals and another height signal each within established anthropometric loci. In our trans-ancestral meta-analysis, we discovered three BMI loci, one height locus, and one WHRadjBMI locus. We also identified 3 secondary signals for BMI, 28 for height, and 2 for WHRadjBMI in established loci. We show that 336 known BMI, 1,177 known height, and 143 known WHRadjBMI (combined) SNPs demonstrated suggestive transferability (nominal significance and effect estimate directional consistency) in Hispanic/Latino adults. Of these, 36 BMI, 124 height, and 11 WHRadjBMI SNPs were significant after trait-specific Bonferroni correction. Trans-ancestral meta-analysis of the three ancestries showed a small-to-moderate impact of uncorrected population stratification on the resulting effect size estimates. Our findings demonstrate that future studies may also benefit from leveraging diverse ancestries and differences in linkage disequilibrium patterns to discover novel loci and additional signals with less residual population stratification.
dc.descriptionLos hispanos/latinos han estado subrepresentados en los estudios de asociación del genoma completo (GWAS) para rasgos antropométricos a pesar de su notable variabilidad antropométrica, proporciones de ascendencia y alta carga de retraso en el crecimiento y sobrepeso/obesidad. Para abordar esta brecha de conocimiento, analizamos datos genéticos densamente imputados en una muestra de adultos hispanos/latinos para identificar y mapear con precisión las variantes genéticas asociadas con el índice de masa corporal (IMC), la altura y la relación cintura-cadera ajustada por el IMC ( WHRadjIMC). Realizamos un GWAS de 18 estudios/consorcios como parte del Consorcio de Antropometría Hispana/Latina (HISLA) (etapa 1, n = 59 771) y generalizamos nuestros hallazgos en 9 estudios adicionales (etapa 2, n = 10 538). Realizamos un GWAS transancestral con estadísticas resumidas de la etapa 1 de HISLA y los consorcios existentes de ascendencia europea y africana. En nuestros análisis de la etapa 1 + 2 de HISLA, descubrimos un locus de IMC, así como dos señales de IMC y otra señal de altura, cada una dentro de los loci antropométricos establecidos. En nuestro metanálisis transancestral, descubrimos tres locus de IMC, un locus de altura y un locus de WHRadjBMI. También identificamos 3 señales secundarias para IMC, 28 para altura y 2 para WHRadjBMI en loci establecidos. Mostramos que 336 IMC conocidos, 1,177 altura conocida y 143 SNP WHRadjBMI (combinados) conocidos demostraron transferibilidad sugerente (significación nominal y consistencia direccional estimada del efecto) en adultos hispanos/latinos. De estos, 36 SNP de IMC, 124 de altura y 11 de WHRadjBMI fueron significativos después de la corrección de Bonferroni específica del rasgo. El metanálisis transancestral de las tres ascendencias mostró un impacto de pequeño a moderado de la estratificación de la población no corregida en las estimaciones del tamaño del efecto resultante. Nuestros hallazgos demuestran que los estudios futuros también pueden beneficiarse del aprovechamiento de diversos ancestros y diferencias en los patrones de desequilibrio de ligamiento para descubrir nuevos loci y señales adicionales con menos estratificación de población residual.
dc.formatapplication/pdf
dc.format21 páginas
dc.languageEnglish
dc.publisherELSEVIER
dc.relationHuman Genetics and Genomics Advances, vol.3 no.2 (2022)
dc.relationhttps://doi.org/10.1016/j.xhgg.2022.100099
dc.rightsGreen Published, Green Accepted, Green Submitted, gold
dc.rightsAcceso abierto
dc.sourceHuman Genetics and Genomics Advances
dc.subjectGenome-Wide Association
dc.subjectBody-Mass Index
dc.subjectPopulation-Structure
dc.subjectCommon Variants
dc.subjectMetaanalysis
dc.subjectObesity
dc.subjectHeight
dc.subjectAdmixture
dc.subjectGrowth
dc.subjectDifferentiation
dc.subjectAsociación Genómica
dc.subjectÍndice de Masa Corporal
dc.subjectEstructura Poblacional
dc.subjectVariantes Comunes
dc.subjectMetaanálisis
dc.subjectObesidad
dc.subjectEstatura
dc.subjectMezcla
dc.subjectCrecimiento
dc.subjectDiferenciación
dc.titleAncestral diversity improves discovery and fine-mapping of genetic loci for anthropometric traits-The Hispanic/Latino Anthropometry Consortium
dc.titleLa diversidad ancestral mejora el descubrimiento y el mapeo fino de loci genéticos para rasgos antropométricos-The Hispanic/Latino Anthropometry Consortium
dc.typeArtículo de revista


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