Latin Americans are highly heterogeneous regarding the type of Native American ancestry. Consideration of specific associations with common diseases may lead to substantial advances in unraveling of disease etiology and disease prevention. Here we investigate possible associations between the type of Native American ancestry and leading causes of death. After an aggregate-data study based on genome-wide genotype data from 1805 admixed Chileans and 639,789 deaths, we validate an identified association with gallbladder cancer relying on individual data from 64 gallbladder cancer patients, with and without a family history, and 170 healthy controls. Native American proportions were markedly underestimated when the two main types of Native American ancestry in Chile, originated from the Mapuche and Aymara indigenous peoples, were combined together. Consideration of the type of Native American ancestry was crucial to identify disease associations. Native American ancestry showed no association with gallbladder cancer mortality (P = 0.26). By contrast, each 1% increase in the Mapuche proportion represented a 3.7% increased mortality risk by gallbladder cancer (95% CI 3.1-4.3%, P = 6x10(-27)). Individual-data results and extensive sensitivity analyses confirmed the association between Mapuche ancestry and gallbladder cancer. Increasing Mapuche proportions were also associated with an increased mortality due to asthma and, interestingly, with a decreased mortality by diabetes. The mortality due to skin, bladder, larynx, bronchus and lung cancers increased with increasing Aymara proportions. Described methods should be considered in future studies on human population genetics and human health. Complementary individual-based studies are needed to apportion the genetic and non-genetic components of associations identified relying on aggregate-data.Los latinoamericanos son muy heterogéneos en cuanto al tipo de ascendencia nativa americana. La consideración de asociaciones específicas con enfermedades comunes puede conducir a avances sustanciales en el esclarecimiento de la etiología y la prevención de enfermedades. Aquí investigamos posibles asociaciones entre el tipo de ascendencia nativa americana y las principales causas de muerte. Después de un estudio de datos agregados basado en datos de genotipos de todo el genoma de 1805 chilenos mezclados y 639 789 muertes, validamos una asociación identificada con el cáncer de vesícula biliar basándonos en datos individuales de 64 pacientes con cáncer de vesícula biliar, con y sin antecedentes familiares, y 170 controles sanos . Las proporciones de nativos americanos se subestimaron notablemente cuando se combinaron los dos tipos principales de ascendencia de nativos americanos en Chile, originarios de los pueblos indígenas mapuche y aymara. La consideración del tipo de ascendencia nativa americana fue crucial para identificar asociaciones de enfermedades. La ascendencia nativa americana no mostró asociación con la mortalidad por cáncer de vesícula biliar (P = 0,26). Por el contrario, cada aumento del 1% en la proporción mapuche representó un aumento del 3,7% en el riesgo de mortalidad por cáncer de vesícula biliar (95% IC 3,1-4,3 %, P = 6x10(-27)). Los resultados de los datos individuales y los extensos análisis de sensibilidad confirmaron la asociación entre la ascendencia mapuche y el cáncer de vesícula biliar. El aumento de las proporciones mapuche también se asoció con una mayor mortalidad por asma y, curiosamente, con una disminución de la mortalidad por diabetes. La mortalidad por cánceres de piel, vejiga, laringe, bronquios y pulmón aumentó a medida que aumentaba la proporción aymara. Los métodos descritos deben considerarse en futuros estudios sobre genética de poblaciones humanas y salud humana. Se necesitan estudios complementarios basados en individuos para prorratear los componentes genéticos y no genéticos de las asociaciones identificadas basándose en datos agregados.