Background: A few viruses have been detected in prostate cancer, however their role in the development of this malignancy has not been determined. The aim of this study was to analyze the presence and functionality of human papillomavirus (HPV) and polyomaviruses (BKPyV and JCPyV) in prostate carcinomas in Chilean patients. Methods: Sixty-nine primary prostate carcinomas were analyzed for the presence of HPV, BKPyV and JCPyV using standard polymerase chain reaction protocols. In addition, when samples were positive for HPyV, large T antigen (TAg) transcripts were analyzed using reverse transcriptase PCR. Results: HPV and JCPyV were not detected in any specimens (0/69, 0 %); whereas, BKPyV was detected in 6/69 PCas (8.7 %). We did not find a statistically significant association between the presence of BKPyV and age (p = 0.198) or Gleason score (p = 0.268). In addition, 2/6 (33 %) BKPyV positive specimens showed detectable levels of TAg transcripts. Conclusions: There was no association between HPV or JCPyV presence and prostate cancer development. The presence of BKPyV in a small subset of prostate carcinomas in Chilean patients could indicate that this virus plays a potential role in prostate cancer development and requires further investigation.Antecedentes: se han detectado algunos virus en el cáncer de próstata, sin embargo, no se ha determinado su papel en el desarrollo de esta malignidad. El objetivo de este estudio fue analizar la presencia y funcionalidad del virus del papiloma humano (VPH) y poliomavirus (BKPyV y JCPyV) en carcinomas de próstata en pacientes chilenos. Métodos: Se analizó la presencia de HPV, BKPyV y JCPyV en sesenta y nueve carcinomas primarios de próstata utilizando protocolos estándar de reacción en cadena de la polimerasa. Además, cuando las muestras dieron positivo para HPyV, se analizaron las transcripciones del antígeno T grande (TAg) mediante PCR con transcriptasa inversa. Resultados: No se detectó VPH ni JCPyV en ningún ejemplar (0/69, 0 %); mientras que BKPyV se detectó en 6/69 PCas (8,7 %). No encontramos una asociación estadísticamente significativa entre la presencia de BKPyV y la edad (p = 0,198) o el puntaje de Gleason (p = 0,268). Además, 2/6 (33 %) de las muestras positivas para BKPyV mostraron niveles detectables de transcritos de TAg. Conclusiones: No hubo asociación entre la presencia de VPH o JCPyV y el desarrollo de cáncer de próstata. La presencia de BKPyV en un pequeño subconjunto de carcinomas de próstata en pacientes chilenos podría indicar que este virus juega un papel potencial en el desarrollo del cáncer de próstata y requiere más investigación.