Spatial variations of hermatypic coral assemblages were evaluated at five sites in Cayos Cochinos Archipelago, Honduras, in February 2008. Richness and coverage of corals and other benthic morpho-functional groups were estimated using 56 videotransects. Topographic complexity and depth were also measured by transect. Twenty-two coral taxa were recorded for Cayos Cochinos. Total species richness was similar (16 and 17 taxa) at all sites, whereas species richness by transect was different among sites (6-12 taxa). Shannon diversity showed weak differences among sites (1.46-2.13), whereas Pielou evenness was not different among sites. Simpson dominance was low with weak differences among sites (0.15-0.27). The total cover of hermatypic coral was 16.5% at Roatan Bank, 10.5% at Salamandinga, 9.7% at Punta Pelicanos, 7.6% at La Grupera, and 6.9% at Mariposales. The ANOSIM revealed assemblages of different corals between sites, except between La Grupera, Punta Pelicanos, and Salamandinga. The NMDS associated La Grupera, Punta Pelicanos, and Salamandinga given the greater contribution of Porites astreoides, Agaricia agaricites, and Montastraea annularis; whereas the NMDS differentiated Mariposales and Roatan Bank, which had more dissimilar assemblages with a greater predominance of Montastraea cavernosa, Agaricia agaricites, and Diploria labyrinthiformis. According to the BIO-ENV method, coral composition and abundance were correlated with the cover of articulated calcareous algae, sandy substrate, total hermatypic corals, rockycalcareous substrate, fleshy macroalgae, and hydrocorals. In general, the differences found in the coral assemblages of Cayos Cochinos could be due to geomorphological characteristics as well as the effects of human activities in the study area.La variación espacial del ensamblaje de corales hermatípicos se evaluó en cinco sitios del archipiélago Cayo Cochinos, Honduras, durante febrero 2008. La riqueza y cobertura de corales y otros grupos morfo-funcionales bentónicos se estimaron con 56 videotransectos. La complejidad topográfica y profundidad fueron medidas por transecto. Se registraron 22 taxa de coral para Cayos Cochinos. La riqueza total fue similar para todos los sitios entre sí (16-17 taxa), pero la riqueza por transecto fue diferente (6-12 taxa). La diversidad de Shannon presentó diferencias significativas entre sitios (1,46-2,13), mientras que la equidad de Pielou no mostró diferencias. La dominancia de Simpson fue baja con diferencias entre sitios (0,15-0,27). La cobertura total de coral hermatípico fue de 16,5% en Roatan Bank, 10,5% en Salamandinga, 9,7% en Punta Pelicanos, 7,6% en La Grupera y 6,9% en Mariposales. El ANOSIM evidenció ensamblajes de coral diferentes entre sitios, excepto entre La Grupera, Punta Pelicanos y Salamandinga. El MDS asoció La Grupera, Punta Pelicanos y Salamandinga por la mayor contribución de Porites astreoides, Agaricia agaricites y Montastraea annularis, en tanto diferenció a Mariposales y Roatan Bank con ensamblajes más disímiles con una mayor dominancia de Montastraea cavernosa, Agaricia agaricites y Diploria labyrinthiformis. El método BIO-ENVmostró que la composición y abundancia de corales se correlacionaron con la cobertura total de algas calcáreas articuladas, arena, coral hermatípico, sustrato calcáreo e hidrocorales. En general, la variación de los ensamblajes de coral podría deberse a las características geomorfológicas y a los efectos de actividades humanas presentes en el área de estudio.