Shrimp farming worldwide, and especially in Brazil, suffers profound impacts due to the lack of standardization in production processes and the occurrence of infectious diseases. In this sense, the study of the genome of the shrimp Penaeus vannamei and the development of new tools that allow the selection of animals with the vigor necessary for production is crucial for the success of the activity. Among these tools, the use of molecular markers and their association with a trait of interest has shown to be a promising strategy, especially considering that vaccines and treatments are not available for shrimp farming. However, information about molecular markers for P. vannamei is still quite fragmented and many markers are not properly characterized. Thus, this work aimed to identify and characterize in detail single nucleotide polymorphism (SNP) and microsatellite (STR) markers already described in the literature for P. vannamei, and based on this characterization, propose panels of markers with potential application in population and association studies. In Chapter 1, 512 SNPs associated with genes involved in disease resistance were identified and classified in detail. It was observed that most SNPs were present in Toll-like receptor proteins 1 and 3, large and small subunits of hemocyanin and anti-lipopolysaccharide factors 1 and 2, allowing to propose their use as targets in studies of association and genetic improvement of populations of P. vannamei In chapter 2, 306 polymorphic STRs were characterized in detail, in order to identify their location in the genome. Among these, 38.8% were considered perfect, with the highest prevalence of dinucleotides (45.3%). The number of uninterrupted repetitions ranged from 3 to 62, with the majority consisting of short repetitions. Putative sequences of 135 STRs were obtained and, after functional alignment, 62 of them were associated with coding genes (mRNA). The identified proteins are mainly related to binding activity to different molecules (53.5%) and catalytic activity (32.14%). Furthermore, 7 perfect STRs located in DNA coding regions were validated in vitro in a shrimp population. The average number of alleles per locus was approximately five, indicating that there may be different protein isoforms in the population. In conclusion, this work summarizes all the markers already described and characterized for P. vannamei and details panels of SNPs and microsatellites in coding regions. These markers have potential for use in population studies and, above all, for studies of direct phenotypegenotype association, increasing the study of genetic plasticity and genotype phenotype correlation in P. vannamei.A carcinicultura mundial, e sobretudo a brasileira, sofre profundos impactos em decorrência da falta de padronização nos processos produtivos e da ocorrência de doenças infecciosas. Nesse sentido, o estudo do genoma do camarão Penaeus vannamei e o desenvolvimento de novas ferramentas que permitam a seleção de animais com o vigor necessário para produção é crucial para o sucesso na atividade. Entre essas ferramentas, o uso de marcadores moleculares e sua associação a características de interesse tem se mostrado uma estratégia promissora, sobretudo considerando que vacinas e tratamentos não estão disponíveis para carcinicultura. Entretanto, as informações sobre os marcadores moleculares para Penaeus vannamei ainda estão bastante fragmentadas e muitos marcadores não estão devidamente caracterizados. Assim, esse trabalho teve como objetivo identificar e caracterizar em detalhes marcadores do tipo polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) e microssatélites (STR) já descritos na literatura para o P. vannamei, e a partir dessa caracterização, propor painéis de marcadores com potencial aplicação em estudos populacionais e de associação. No capítulo 1, 512 SNPs associados a genes envolvidos na resistência a doenças foram identificados e classificados em detalhes. Foi observado que a maioria dos SNPs estavam presentes nas proteínas receptores Toll like 1 e 3, subunidades grandes e pequenas da hemocianina e fatores anti-lipopolissacarídeos 1 e 2, permitindo propor seu uso como alvos em estudos de associação e melhoramento genético de populações de P. vannamei. No capítulo 2, 306 STR polimórficos foram caracterizados em detalhe, no intuito de identificar a sua localização no genoma. Dentre esses,38,8% foram considerados perfeitos, com a maior prevalência de dinucleótidicos (45,3%). O número de repetições ininterruptas variou de 3 a 62, com a maioria consistindo em repetições curtas. As sequências putativas de 135 STRs foram obtidas e, após o alinhamento funcional, 62 delas foram associadas à genes codificantes (mRNA). As proteínas identificadas estão relacionadas principalmente à atividade de ligação (53,5%) e atividade catalítica (32,14%). Além disso, 7 STRs perfeitos localizados em regiões codificantes do DNA foram validados in vitro em uma população de camarões. O número médio de alelos por loco foi de aproximadamente cinco, indicando que podem haver diferentes isoformas de proteínas na população. Concluindo, esse trabalho resume todos os marcadores já descritos e caracterizados para P. vannamei e detalha painéis de SNPs e microssatélites em regiões codificantes. Esses marcadores têm potencial para utilização em estudos populacionais e, sobretudo, para estudos de associação direta fenótipo-genótipo, elevando o estudo da plasticidade genética e da correlação genótipo fenótipo em P. vannamei.