Caracterização de marcadores moleculares do tipo SNPs e Microssatélites em Penaeus vannamei e proposição de painéis para estudos populacionais e de associação

dc.contributorLanza, Daniel Carlos Ferreira
dc.contributor05512437402
dc.contributor05372896663
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/6851351991421755
dc.contributorRibeiro, Karina
dc.contributor26459233802
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/0589962629835994
dc.contributorTheodoro, Raquel Cordeiro
dc.contributor22405839830
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/0977453259767928
dc.contributorCesar, Aline Silva Mello
dc.contributor24828813829
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/6423577693155656
dc.contributorLima, Juliana Gabriela Silva De
dc.contributor04198564124
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/1463822009424883
dc.creatorVieira, Iasmim Santos Mangabeira e Silva
dc.date2023-05-04T18:06:51Z
dc.date2023-05-04T18:06:51Z
dc.date2022-12-20
dc.date.accessioned2023-09-04T14:09:55Z
dc.date.available2023-09-04T14:09:55Z
dc.identifierVIEIRA, Iasmim Santos Mangabeira e Silva. Caracterização de marcadores moleculares do tipo SNPs e Microssatélites em Penaeus vannamei e proposição de painéis para estudos populacionais e de associação. Orientador: Daniel Carlos Ferreira Lanza. 2022. 98 f. Tese (Doutorado) - Curso de Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia (Renorbio), Centro de Tecnologia, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2023.
dc.identifierhttps://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/52251
dc.identifier.urihttps://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/8604009
dc.descriptionShrimp farming worldwide, and especially in Brazil, suffers profound impacts due to the lack of standardization in production processes and the occurrence of infectious diseases. In this sense, the study of the genome of the shrimp Penaeus vannamei and the development of new tools that allow the selection of animals with the vigor necessary for production is crucial for the success of the activity. Among these tools, the use of molecular markers and their association with a trait of interest has shown to be a promising strategy, especially considering that vaccines and treatments are not available for shrimp farming. However, information about molecular markers for P. vannamei is still quite fragmented and many markers are not properly characterized. Thus, this work aimed to identify and characterize in detail single nucleotide polymorphism (SNP) and microsatellite (STR) markers already described in the literature for P. vannamei, and based on this characterization, propose panels of markers with potential application in population and association studies. In Chapter 1, 512 SNPs associated with genes involved in disease resistance were identified and classified in detail. It was observed that most SNPs were present in Toll-like receptor proteins 1 and 3, large and small subunits of hemocyanin and anti-lipopolysaccharide factors 1 and 2, allowing to propose their use as targets in studies of association and genetic improvement of populations of P. vannamei In chapter 2, 306 polymorphic STRs were characterized in detail, in order to identify their location in the genome. Among these, 38.8% were considered perfect, with the highest prevalence of dinucleotides (45.3%). The number of uninterrupted repetitions ranged from 3 to 62, with the majority consisting of short repetitions. Putative sequences of 135 STRs were obtained and, after functional alignment, 62 of them were associated with coding genes (mRNA). The identified proteins are mainly related to binding activity to different molecules (53.5%) and catalytic activity (32.14%). Furthermore, 7 perfect STRs located in DNA coding regions were validated in vitro in a shrimp population. The average number of alleles per locus was approximately five, indicating that there may be different protein isoforms in the population. In conclusion, this work summarizes all the markers already described and characterized for P. vannamei and details panels of SNPs and microsatellites in coding regions. These markers have potential for use in population studies and, above all, for studies of direct phenotypegenotype association, increasing the study of genetic plasticity and genotype phenotype correlation in P. vannamei.
dc.descriptionA carcinicultura mundial, e sobretudo a brasileira, sofre profundos impactos em decorrência da falta de padronização nos processos produtivos e da ocorrência de doenças infecciosas. Nesse sentido, o estudo do genoma do camarão Penaeus vannamei e o desenvolvimento de novas ferramentas que permitam a seleção de animais com o vigor necessário para produção é crucial para o sucesso na atividade. Entre essas ferramentas, o uso de marcadores moleculares e sua associação a características de interesse tem se mostrado uma estratégia promissora, sobretudo considerando que vacinas e tratamentos não estão disponíveis para carcinicultura. Entretanto, as informações sobre os marcadores moleculares para Penaeus vannamei ainda estão bastante fragmentadas e muitos marcadores não estão devidamente caracterizados. Assim, esse trabalho teve como objetivo identificar e caracterizar em detalhes marcadores do tipo polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) e microssatélites (STR) já descritos na literatura para o P. vannamei, e a partir dessa caracterização, propor painéis de marcadores com potencial aplicação em estudos populacionais e de associação. No capítulo 1, 512 SNPs associados a genes envolvidos na resistência a doenças foram identificados e classificados em detalhes. Foi observado que a maioria dos SNPs estavam presentes nas proteínas receptores Toll like 1 e 3, subunidades grandes e pequenas da hemocianina e fatores anti-lipopolissacarídeos 1 e 2, permitindo propor seu uso como alvos em estudos de associação e melhoramento genético de populações de P. vannamei. No capítulo 2, 306 STR polimórficos foram caracterizados em detalhe, no intuito de identificar a sua localização no genoma. Dentre esses,38,8% foram considerados perfeitos, com a maior prevalência de dinucleótidicos (45,3%). O número de repetições ininterruptas variou de 3 a 62, com a maioria consistindo em repetições curtas. As sequências putativas de 135 STRs foram obtidas e, após o alinhamento funcional, 62 delas foram associadas à genes codificantes (mRNA). As proteínas identificadas estão relacionadas principalmente à atividade de ligação (53,5%) e atividade catalítica (32,14%). Além disso, 7 STRs perfeitos localizados em regiões codificantes do DNA foram validados in vitro em uma população de camarões. O número médio de alelos por loco foi de aproximadamente cinco, indicando que podem haver diferentes isoformas de proteínas na população. Concluindo, esse trabalho resume todos os marcadores já descritos e caracterizados para P. vannamei e detalha painéis de SNPs e microssatélites em regiões codificantes. Esses marcadores têm potencial para utilização em estudos populacionais e, sobretudo, para estudos de associação direta fenótipo-genótipo, elevando o estudo da plasticidade genética e da correlação genótipo fenótipo em P. vannamei.
dc.formatapplication/pdf
dc.languagept_BR
dc.publisherUniversidade Federal do Rio Grande do Norte
dc.publisherBrasil
dc.publisherUFRN
dc.publisherPrograma de Pós-Graduação em Biotecnologia
dc.rightsAcesso Aberto
dc.subjectaquicultura
dc.subjectcarcinicultura
dc.subjectdoenças virais
dc.subjectmicrossatélites
dc.subjectSNPs
dc.subjectaquaculture
dc.subjectshrimp farming
dc.subjectviral diseases
dc.subjectmicrosatellites
dc.subjectSNPs
dc.titleCaracterização de marcadores moleculares do tipo SNPs e Microssatélites em Penaeus vannamei e proposição de painéis para estudos populacionais e de associação
dc.typedoctoralThesis


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