Piriformospora indica es un hongo simbiótico mutualista que coloniza las raíces de una gran variedad de plantas monocotiledóneas y dicotiledóneas incluyendo Arabidopsis thaliana. Este hongo beneficia a sus plantas hospederas promoviendo su crecimiento, resistencia a patógenos y tolerancia al estrés abiótico. Los mecanismos moleculares que involucran la interacción planta-P. indica requiere todavía de una investigación detallada. Tal es el caso de los microARN, los cuales son pequeñas moléculas de ARN de 20-22 nt que regulan procesos biológicos importantes en las plantas. Hasta el momento se han estudiado los microARN en la interacción entre P. indica y orquídeas, arroz o pasto. Con el propósito de caracterizar parejas de microARN y sus ARN mensajeros blancos en la planta de A. thaliana durante la simbiosis con P. indica, se realizó el co-cultivo in vitro de ambos organismos, del cual se utilizó el tejido de raíz para el análisis del RNAseq, Small-RNAseq y Degradoma-seq. Se identificó una lista de parejas de icroARN/blancos potencialmente involucradas en esta simbiosis como, por ejemplo, miR399/PHO2, miR161/PPR, iso-miR860/PLAT1 miR168/AGO1, miR398/CSD1 y miR157/SPL entre otros. La función de los blancos es interesante ya que se involucran en la homeostasis de fosfato, defensa y estrés de las plantas. Así mismo se observó un fenotipo diferente en la cantidad de esporas de las plantas mutantes del miR161 comparado a las silvestres, y en adición se evaluó una mutante de AGO5 debido a que se involucra en la biogénesis de los microARN donde también se observó un fenotipo diferente a las silvestres. En conclusión, durante la simbiosis entre A. thaliana y P. indica se identificó la acumulación diferencial de microARN y su relación con sus blancos. Además, el análisis de mutantes seleccionadas nos mostró que la alteración de la acción de los microARN o genes importantes puede afectar el equilibrio de la esporulación en raíz durante esta interacción.