RESUMEN: La malaria gestacional es una enfermedad que afecta a madres y fetos, siendo de complejo diagnóstico y de cuidado en el tratamiento, esta infección es frecuente en algunas zonas de Colombia como Antioquia, Córdoba y Nariño, por tal motivo este trabajo analiza 64 pacientes entre gestantes y no gestantes con y sin malaria de estas regiones; mediante técnicas microscópicas y moleculares; y la implementación con nuevos oligonucleótidos y una nueva región 18S clonada y usada para estandarizar la cuantificación. El estudio demostró una mayor sensibilidad y especificidad de las pruebas moleculares con relación a la técnica de gota gruesa; además de la determinación de la parasitemia por qPCR; se destacó el diagnostico de dos casos de infección con P. falciparum, y una infección mixta (P. falciparum - P. vivax) no identificadas por gota gruesa y el eficiente funcionamiento de los nuevos oligonucleótidos implementados. No es posible afirmar que gota gruesa es menos sensible que las pruebas moleculares, pero si es claro que con las pruebas moleculares se observa una excelente detección del parásito. Es así, que este estudio, pretende implementar la qPCR para el diagnóstico de malaria gestacional en zonas endémicas, evaluando sus ventajas con relación a la técnica de gota gruesa y PCR convencional.