The special indigenous jurisdiction empowers indigenous authorities to administer justice in all branches of law according to the usages, customs, rules, and procedures that each indigenous community owns. The main objective of this research is to analyze the conflict of jurisdiction between the indigenous special jurisdiction and general jurisdiction, taking into account case law and national law. The secondary objectives are: to know the limits that a special indigenous jurisdiction has; disseminate that knowledge to all levels of society; and identify the interest that prevails between the special indigenous jurisdiction and the national jurisdiction to present the conflicts of jurisdiction between them. In this investigation we used the descriptive qualitative method. To determine which indigenous jurisdiction is appropriate requires the provision of traditional authority with a vocation to exercise it; that the accused is an active member of an indigenous community; and behaves according to their customs and ancestral customs. The Judge must assess the degree of acculturation of the Indian accused of wrongdoing, to decide whether to apply the special indigenous jurisdiction and to be judged by his own judicial authorities.Al funcionar en Colombia paralelamente dos sistemas de justicia, la jurisdicción ordinaria y la especial indígena, es posible que se presenten conflictos de competencias entre ambas. Como aún el legislador no ha establecido las formas de coordinación entre ellas, es preciso que el intérprete judicial en su solución se atenga a las circunstancias particulares del caso concreto determinadas por la jurisprudencia nacional. La jurisdicción especial indígena faculta a las autoridades indígenas a administrar justicia en todas las ramas del derecho, de acuerdo a los usos, costumbres, normas y procedimientos que cada comunidad indígena posee. El objetivo principal de esta investigación es analizar el conflicto de competencia entre la jurisdicción especial indígena y la jurisdicción ordinaria, teniendo en cuenta la jurisprudencia y la doctrina nacional. Los objetivos secundarios son: conocer los límites que tiene la jurisdicción especial indígena, difundir su conocimiento a todos los niveles de la sociedad, e identificar el interés que prevalece entre la jurisdicción especial indígena y la ordinaria al presentarse un conflicto de competencias entre ambas. En la presente investigación se utilizo el método cualitativo-descriptivo. Para que proceda la jurisdicción indígena se requiere que exista una autoridad tradicional con vocación para ejercerla, que el sindicado sea miembro activo de una comunidad indígena, y se comporte según sus usos y costumbres ancestrales. El operador judicial, debe valorar el grado de aculturamiento del indígena sindicado de un acto ilícito, para que se le aplique o no el fuero especial indígena y sea juzgado por sus propias autoridades judiciales.