A metagenômica pode ser usadas para determinar a diversidade de uma comunidade microbiana, a presença de microrganismos específicos ou dominantes, rotas metabólicas, bem como determinar a simples presença de um gene. No presente trabalho, foram analisadas amostras de solo de dois locais do município de Dourados, Mato Grosso do Sul. Foram analisados solos em cultivo agrícola sob sistema de Plantio Direto e outro sob Mata Nativa de Floresta Semidecidual. Foram inseridas 54.230 sequências a partir do solo de Mata Nativa, no MG-RAST. Dentre estas, 26.944 sequências (49.7%) contêm genes que predizem proteínas de função conhecida e 24.638 sequências (45.4%) contêm genes que codificam para proteínas com função desconhecida. Foram inseridas 69.164 sequências obtidas a partir do solo cultivado sob Sistema Plantio Direto, no MG-RAST. Dentre estas, 43.673 sequências (63.1%) contêm genes codificadores de proteínas com funcionalidade conhecida e 24.776 sequências (35.8%) contêm genes codificadores de proteínas com função desconhecida. Os resultados obtidos através da ferramenta MG-RAST e STAMP apontaram uma presença maior de bactérias em comparação com Archeas, eucariotos e vírus, em ambos os solos. No solo sob Mata Nativa, a porcentagem de bactérias presentes foi de 84,60% - (45.39% Proteobactérias; 15.32% Actinobactérias; 5.20% Firmicutes; 4.78% Acidobactérias e 2.74% de Cyanobactérias), sequências não atribuídas 10.39%; 3.93% de Archeas; 0.77% de Eucariotos e sequências sem classificação 0.23%. Mendes et al. (2015) também encontraram uma abundância maior de proteobactérias (61%) na floresta amazônica. No solo sob Sistema Plantio Direto, 92.74% foram de bactérias (48.72% Actinobactérias; 33.77% Proteobactérias; 3.05% Firmicutes; Chloroflexi 1.78% e 0.97% de Cyanobactérias), sequências não atribuídas de 5.01%; Archeas 1.62%; Eucariotos 0.49% e sequências sem classificação, 0.061%. Apesar da diferença no tratamento do solo, observou-se que os filos de maior abundância estavam presentes em ambos os solos apresentados, tanto em Mata Nativa quanto em Sistema Plantio Direto.Fundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do Estado de Mato Grosso do Sul (FUNDECT)