Genetic engineering has created genetically modified (GM) varieties of many crops that express the toxin from the bacterium Cry Bacillus thuringiensis Berliner (Bt). The Cry toxin has insecticidal properties, is synthesized during growth of the plant, and can be expressed in any part of it. To evaluate the impact of this technology on the environment, this study aimed to find the effect of GM cotton resistant to insects on the fauna of Formicidae and Coleoptera. The field sample was a commercial area located in the municipality of Maracajú, Mato Grosso do Sul, Brazil. There were two treatments: Bt cotton and non-Bt cotton, and 20 samples were taken in each treatment during the reproductive period of cotton in the 2007/2008 crop season. The samplings were done by interception pitfall traps. It was used the paired t test for each day of collection to compare the occurrence of species in both treatments. Seeking to obtain gradients of community structure of Formicidae and Coleoptera based on species composition, it was used the technique of ordering by hybrid multidimensional scaling (HMDS). The studied Bt cotton area negatively affected the fauna of Formicidae, because of the species richness in Bt cotton was lower when compared to non-Bt cotton, and the species of this family occurred in non-Bt crops were different from those presented in Bt. The fauna of Coleoptera was also affected by Bt crop, as the species that make up the community assessed in Bt crops are different from those that make the non-Bt crop. The fact that negative results were observed regarding the impact on entomofauna in an area with little time under cultivation of Bt cotton, strengthens the possibility of further changes in the long term.A engenharia genética tem criado variedades geneticamente modificadas (GM) de muitos cultivos que expressam a toxina Cry da bactéria Bacillus thuringiensis Berliner (Bt). Essa toxina tem propriedades inseticidas e é sintetizada durante o crescimento da planta, podendo ser expressa em qualquer parte da mesma. Visando avaliar os impactos dessa tecnologia no ambiente, neste trabalho avaliamos o efeito do algodão GM resistente a insetos sobre a fauna de Formicidae e Coleoptera de solo. O experimento foi conduzido em uma área comercial situada no município de Maracajú, Mato Grosso do Sul, Brasil. Sendo avaliados dois tratamentos: algodão Bt e algodão não-Bt. Foram realizadas 20 amostras em cada tratamento, durante o período reprodutivo do algodoeiro na safra de 2007/2008. A amostragem foi realizada através de armadilhas de interceptação do tipo “pitfall” modificada. Para a análise da riqueza de espécies utilizou-se o teste t pareado por dia de coleta para comparar a ocorrência das espécies nos dois tratamentos. Buscando obter gradientes da estrutura da comunidade de Formicidae e Coleoptera baseada na composição de espécies, foi utilizada a técnica de ordenação por escalonamento multidimensional híbrido (HMDS). O algodão Bt da área estudada afetou negativamente a fauna de Formicidae, pois a riqueza de espécies no algodão Bt foi inferior quando comparada ao algodão não-Bt. As espécies de formigas ocorrentes no cultivo não-Bt foram diferentes daquelas presentes no Bt. A fauna de Coleoptera também foi afetada pelo cultivo Bt, já que as espécies que compõe a comunidade avaliada no cultivo Bt foram diferentes daquelas que compõe a cultura não-Bt. O fato de terem sido observados resultados negativos a respeito do impacto sobre a entomofauna em uma área com pouco tempo de cultivo de algodão Bt, indica a possibilidade de efeitos ainda maiores em longo prazo.Fundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do Estado de Mato Grosso do Sul (FUNDECT)