Os estuários são zonas de transição entre rios e oceanos e por isso recebem aporte de nutrientes e matéria orgânicas oriundas de ambos os ambientes, tornando-se biologicamente mais produtivos que o rio e oceano acompanhantes. Além disso, apresentam uma grande capacidade de renovação dos nutrientes fazendo com que esse ambiente abrigue uma variedade de espécies de peixes juvenis que utilizam o habitat como área de berçário. O presente trabalho teve como objetivo descrever a comunidade ictiofaunística que habita as raízes do mangue no estuário do rio Vaza-Barris em Aracaju, Se. O rio Vaza-Barris está localizado próximo à zona de expansão de Aracaju. Essa área sofre grande pressão antrópica, resultando em alterações das características vitais do meio ambiente. Foram realizadas seis coletas nos meses de março à agosto de 2014, sendo estas desenvolvidas com o auxílio de peneira coberta por uma tela. As peneiragens foram realizadas próximas às raízes do mangue, nas franjas do mangue e nas áreas onde o mangue já havia sido devastado. Esse procedimento ocorreu aleatoriamente em um transecto de 50m, sendo três transectos no ponto Riacho da Baleia, um transecto no ponto Viral e dois transectos no ponto Caruara, totalizando seis transectos nos pontos amostrais estudados. O material foi acondicionado em potes de vidro com formol 10%, devidamente etiquetados. No laboratório os peixes foram identificados até o menor nível taxonômico possível com o auxílio de chaves de identificação de peixes marinhos. Os dados foram processados com o software Statistica 10 (Statsoft ®), onde foram organizados e analisados. Para cada amostra foram calculados: número total de espécies (S), densidade total (N), riqueza de Margalef (D), índice de diversidade de Shannon-Wiener (H') e índice de equitabilidade de Pielou (J'), utilizando-se do software Primer 6. Foram coletados 2.259 exemplares distribuídos em 26 famílias, 12 gêneros e 30 espécies. As famílias mais abundantes foram Gerreidae com 59,5% seguida por Atherinopsidae, Carangidae, Engraulidae, Gobiidae e Centropomidae. Os Syngnathidae também foram frequentes no estudo, apresentando um total de 371 indivíduos observados. O comportamento gregário foi frequentemente observado em diversas espécies, o que de certa forma influenciou a análise de abundância observada neste estudo. E dentro das famílias mais abundantes os indivíduos que se apresentaram com maior frequência foram Eucinostomus sp 59,5%, seguido por Atherinella brasiliensis, Anchoa sp, Larva de carangidae, Caranx sp, 9 Gobionellus boleosoma e Bathygobius soporator. As famílias menos abundantes foram Blennidae, Lutjanidae, Batrachoididae, Pomacentridae, Sphyraenidae, Poecilidae, Belonidae, Paralichthyidae, Serranidae, Diodontidae, Grammistidae, Labrissomidae, Monacanthidae, Ogcocephalidae e Scaridae. Esses organismos vivem solitários, evidenciando o fato de apresentarem em menor frequência. Dentre os parâmetros obtidos, a salinidade foi o único que apresentou influência na distribuição dos organismos, apresentando maior riqueza quando essa esteve entre 34 a 36ppm, resultando no aumento da frequência de espécies marinhas. Dos 42 taxas coletados, o ponto Riacho da Baleia foi o que apresentou a maior riqueza, equitabilidade e diversidade de organismos capturados e isso se deve ao fato do mangue neste ponto estar em bom estado de conservação, oferecendo as condições favoráveis aos organismos para seu desenvolvimento. Os indivíduos no estágio juvenil foram mais dominantes que os adultos, sendo frequentes aqueles com o tamanho entre 6 a 18 mm, por conta da complexidade estrutural das raízes em águas rasas, o que dificulta a passagem dos adultos. Com relação ao habitat preferencial foi observado maior presença de espécies estuarinas marinhas. Foi elaborada uma curva de acumulação de espécies hipotética para avaliar se a captura total das espécies se aproximava da quantidade real das espécies do local. Porém, ficou evidente a necessidade de mais coletas já que em regiões tropicais, é difícil obter a estabilização da curva pois, muitas espécies raras costumam ser adicionadas após muitas amostragens. Contudo, embora algumas espécies tenham sido mais frequentes que outras todas apresentam relevante importância ecológica e em alguns casos, econômica. Considerando-se a diversidade observada e a predominância de indivíduos juvenis, fica evidente a importância do estuário na manutenção do ciclo de vida de peixes, havendo em muitos casos a necessidade da criação de um plano de manejo ambiental para a área para que dessa forma sejam preservados tais ecossistemas e os ciclos biológicos a eles relacionados.São Cristóvão, SE