A diversidade de peixes em rios está relacionada à complexidade do habitat, sendo influenciada pela profundidade, tipos de substrato e velocidade da correnteza. Uma assembleia de peixes é influenciada pela sinergia de fatores ambientais e interações ecológicas, os quais estruturam e determinam quantas e quais espécies têm a capacidade de ocorrer simultaneamente, quais são consideradas raras ou comuns e se há uma interação entre elas. O presente estudo teve como por objetivo avaliar a influência dos fatores ambientais (Oxigênio, pluviosidade, pH, condutividade e temperatura da água) sobre a abundância, biomassa e diversidade de peixes associados as macrófitas aquáticas em uma área do Baixo São Francisco. Amostragens bimestrais foram realizadas entre agosto/2012 e junho/2013, na calha principal do rio, entre os municípios de Propriá (SE) e Porto Real do Colégio (AL), utilizando redes de arrasto (malha 5 mm entrenós) nas ilhas de sedimentação no período crepuscular. A caracterização da composição das assembleias de peixes nas duas ilhas amostradas foi realizada utilizando como descritores ecológicos a abundância, a riqueza de espécies e a diversidade. Para testar a influência dos fatores ambientais sobre os descritores ecológicos foi aplicada a correlação de Pearson aos dados bimestrais. Foram capturados 2879 exemplares de peixes, distribuídos em 5 ordens, 10 famílias e 25 espécies. Characiformes (50%) e Perciformes (20%) foram as ordens que apresentaram as maiores contribuições com o maior numero de famílias, enquanto que Characidae (44%) e Cichlidae (12%) foram as famílias mais representativas em riqueza. Foram observadas correlações significativas entre os fatores ambientais e os descritores ecológicos para as duas localidades amostradas. Sendo assim, o presente estudo permitiu elucidar que apesar de suas características ambientais similares, as ilhas de sedimentação estudadas não apresentam uma ictiofauna exclusiva, Apesar de serem próximas, as localidades provavelmente apresentam diferenças na disposição de recurso, o que modificou a constituição das assembleias.São Cristóvão, SE