A ocupação territorial de Sergipe, iniciada no século XVI, ocorreu de forma semelhante a dos demais estados brasileiros, com destruição de biomas e ecossistemas para instalação da pecuária e atividade canavieira. Há quase meio século, este Estado já era considerado bastante devastado, especialmente em sua porção litorânea. A sub-bacia hidrográfica do rio Poxim, que abrange parcialmente seis municípios, três deles inseridos na Região Metropolitana de Aracaju, capital do Estado, abriga remanescentes importantes de ecossistemas pertencentes a Floresta Atlantica, como manguezais, planícies de inundação e fragmentos florestais diversos que abrigam espécies animais em risco de extinção. O diagnóstico permitiu mapear sua ocorrência e compilar a riqueza de espécies botânicas encontradas nestes ambientes (n=400). Entretanto, todos se encontram sob ameaça de destruição, pois estão submetidos a intensa fragmentação pelas atividades agrícolas e ocupação imobiliária crescente._________________________________________________________________________________________ ABSTRACT: The territorial occupation of Sergipe, started in the sixteenth century, was similar to the other Brazilian states, with destruction of ecosystems and biomes for installation of livestock and sugar cane cultivation. For almost half a century, this state was already considered quite devastated, especially in its coastal portion. The Poxim river‘s sub-basin that partially covers six counties, three of them part of the metropolitan area of Aracaju, the state capital, is home to important remnants of the Atlantic Forest ecosystems, such as mangroves, floodplains and other forest fragments. Diagnosis allowed the mapping of their occurrence and the compiling of the richness of botanical species (n = 400) found in these environments. However, all are under threat of destruction because they are subjected to intense fragmentation by agricultural activities and increasing real estate occupation.