Melipona rufiventris, Lepeletier, 1836 e M. mondury, Smith, 1863 (Hymenoptera, Apidae) são espécies geneticamente similares, popularmente conhecidas como uruçu amarela. Estudos recentes, utilizando marcadores moleculares mostraram que as populações de uruçu amarela em Minas Gerais formam grupos distintos, sendo M. mondury pertencente à região de Mata Atlântica, M. rufiventris e uma terceira espécie, ainda não identificada aqui denominada de Melipona sp., pertencentes à região do Cerrado. O objetivo deste trabalho foi estudar as relações genéticas entre as populações de uruçu amarela no Estado de Minas Gerais, utilizando-se marcadores moleculares ISSR. Foram utilizadas 79 colônias oriundas de 10 localidades diferentes. Para cada colônia, extraiu-se DNA de um indivíduo e utilizouse nove primers ISSR na amplificação. Para a estimativa da diferenciação genética foram realizadas as seguintes análises: (i) Percentual de locos polimórficos (P) e a estimativa da diversidade genética (He); (ii) Dissimilaridade genética utilizando-se o índice de Dice e o método UPGMA; (iii) Análise de variância molecular e φst. Os resultados obtidos mostraram um elevado polimorfismo em nível molecular entre as colônias estudadas. A análise de agrupamento resultou na formação de três grupos distintos representados pelas populações de M. mondury, M. rufiventris e Melipona sp.. No grupo formado pelas populações de Melipona sp. destacam-se as colônias oriundas de Urucuia - MG por apresentarem maior divergência genética em relação às demais localidades.Melipona rufiventris, Lepeletier, 1836 and M. mondury, Smith, 1863 (Hymenoptera, Apidae) are species genetically close popularly known as "uruçu amarela". Recent studies, using molecular markers showed that the population of "uruçu amarela" in Minas Gerais form distinct groups. M. mondury comes from the Atlantic Forest region, whereas M. rufiventris and a third species, known as Melipona sp. but not yet identified comes from the biome "Cerrado". The goal of this work was to study the genetic relationships between the population of "uruçu amarela" in the State of Minas Gerais using the ISSR molecular markers. 79 colonies from 10 different locations were used. The extracted DNA was amplified using nine ISSR primers and for the analysis one individual per colony was used. For the estimation of genetic differentiation the following analysis were done: (i) Percentage of polymorphic loci (P) and genetic diversity (ii) Genetic dissimilarity using the index of Dice and the method UPGMA (iii) Analysis of molecular variance (AMOVA) and φst. The findings showed a high polymorphism in molecular level among the colonies studied. In the grouping analysis the formation of three distinct groups, composed by M. mondury, M. rufiventris, Melipona sp.. We observed Melipona sp. the population of Urucuia showed significant genetic divergence in relation to the other samples.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior