To initiate a conservation program of the Orchidaceae from the Brazilian Atlantic rain forest with the purpose of ex situ conservation or reintroduction in the State of Minas Gerais, seven mycorrhizal Rhizoctonia-like fungal strains were isolated from roots of seven neotropical orchid species from three different Atlantic rain forest fragments. Taxonomic studies revealed that the isolates belong to the genera Ceratorhiza and Epulorhiza. The Epulorhiza isolates were identified as Epulorhiza repens (N. Bernard) R.T. Moore and Epulorhiza epiphytica Pereira, Rollemberg et Kasuya. RAPD analysis indicated higher polymorphism between Epulorhiza epiphytica and Epulorhiza repens than found in the PCR RFLP analysis. RAPD and morphological analyses indicated a degree of relatedness among the Ceratorhiza isolates obtained from the roots of different Oncidium species. A combination of morphological and molecular characterizations permitted integration of fungal strain identification with genetic relatedness among the isolates, thus allowing some inferences to be made on specificity of these endosymbionts under field conditions.Key words: biodiversity, Ceratorhiza, Epulorhiza, orchid mycorrhiza, Rhizoctonia-like, symbiosis, specificity.Les auteurs travaillent à mettre sur pied un programme de conservation pour les Orchidaceae de la forêt ombrophile atlantique du Brésil, avec l’objectif d’effectuer de la conservation ex situ et de la réintroduction, dans l’état de Minas Gerais. À cette fin, ils ont isolé sept souches de champignons de type Rhizoctonia, à partir de racines de sept espèces d’orchidées néotropicales, provenant de trois fragments différents de la forêt ombrophile de l’Atlantique. Les études taxonomiques révèlent que les isolats appartiennent aux genres Ceratorhiza et Epulorhiza. Ils ont identifié les isolats d’Epulorhiza comme Epulorhiza repens (N. Bernard) R.T. Moore et Epulorhiza epiphytica Pereira, Rollemberg et Kasuya. L’analyse RAPD montre un polymorphisme plus grand entre l’Epulorhiza epiphytica et l’Epulorhiza repens, que celui qu’on retrouve avec les analyses PCR–RFLP. Les analyses RAPD et morphologiques indiquent un certain degré de relation entre les isolats provenant des Ceratorhiza obtenus des racines de différentes espèces d’Oncidium. La combinaison des caractéristiques morphologiques et moléculaires permet d’intégrer l’identification des souches fongiques avec la relation génétique entre les isolats, permettant ainsi de déduire des informations sur la spécificité de ces endosymbiontes, sous des conditions de terrain.