The relative roles of historical processes, environmental filtering, and ecological interactions in the organization of species assemblages vary depending on the spatial scale. We evaluated the phylogenetic and morphological relationships between species and individuals (i.e. inter- and intraspecific variability) of Neotropical nonvolant small mammals coexisting in grassland-forest ecotones, in landscapes and in regions, that is, three different scales. We used a phylogenetic tree to infer evolutionary relationships, and morphological traits as indicators of performance and niche similarities between species and individuals. Subsequently, we applied phylogenetic and morphologic indexes of diversity and distance between species to evaluate small mammal assemblage structures on the three scales. The results indicated a repulsion pattern near forest edges, showing that phylogenetically similar species coexisted less often than expected by chance. The strategies for niche differentiation might explain the phylogenetic repulsion observed at the edge. Phylogenetic and morphological clustering in the grassland and at the forest interior indicated the coexistence of closely related and ecologically similar species and individuals. Coexistence patterns were similar whether species-trait values or individual values were used. At the landscape and regional scales, assemblages showed a predominant pattern of phylogenetic and morphological clustering. Environmental filters influenced the coexistence patterns at three scales, showing the importance of phylogenetically conserved ecological tolerances in enabling taxa co-occurrence. Evidence of phylogenetic repulsion in one region indicated that other processes beyond environmental filtering are important for community assembly at broad scales. Finally, ecological interactions and environmental filtering seemed important at the local scale, while environmental filtering and historical colonization seemed important for community assembly at broader scales.Los roles relativos de los procesos históricos, el filtrado ambiental y las interacciones ecológicas en la organización de los conjuntos de especies varían según la escala espacial. Evaluamos las relaciones filogenéticas y morfológicas entre especies e individuos (es decir, variabilidad interespecífica e intraespecífica) de pequeños mamíferos no voladores neotropicales que coexisten en ecotonos de pastizal-bosque, en paisajes y regiones, es decir, en tres escalas diferentes. Usamos un árbol filogenético para inferir relaciones evolutivas y rasgos morfológicos como indicadores de desempeño y similitudes de nicho entre especies e individuos. Posteriormente, aplicamos índices filogenéticos y morfológicos de diversidad y distancia entre especies para evaluar estructuras de ensamblaje de pequeños mamíferos en las tres escalas. Los resultados indicaron un patrón de repulsión cerca de los bordes del bosque, mostrando que especies filogenéticamente similares coexistieron con menos frecuencia de lo esperado por casualidad. Las estrategias para la diferenciación de nichos podrían explicar la repulsión filogenética observada en el borde. El agrupamiento filogenético y morfológico en el pastizal y en el interior del bosque indicó la coexistencia de especies e individuos estrechamente relacionados y ecológicamente similares. Los patrones de coexistencia fueron similares ya sea que se usaran valores de rasgos de especie o valores individuales. A escala de paisaje y regional, los ensamblajes mostraron un patrón predominante de agrupamiento filogenético y morfológico. Los filtros ambientales influyeron en los patrones de coexistencia en tres escalas, lo que muestra la importancia de las tolerancias ecológicas conservadas filogenéticamente para permitir la coexistencia de taxones. La evidencia de repulsión filogenética en una región indicó que otros procesos más allá del filtrado ambiental son importantes para la asamblea comunitaria a gran escala. Finalmente, las interacciones ecológicas y el filtrado ambiental parecían importantes a escala local, mientras que el filtrado ambiental y la colonización histórica parecían importantes para la asamblea comunitaria a escalas más amplias.