The bulbourethral glands (GBU) in the rabbit (Oryctolagus cuniculus) and guinea pig (Cavia porcellus) play an important role in reproductive physiology. However, histological and stereological aspects are scarce. Thus, the objective of this research was to compare stereological characteristics between the rabbit and guinea pig GBU as a first approximation in the understanding of morphometric variables involved in reproductive processes. Five rabbits were used and five adult male guinea pigs, healthy, obtained from the Vivarium of the Universidad de La Frontera, Temuco, Chile. Pelvic region was dissected, isolating the GBU of each animal. Was determined weight and volume of each gland. These were fixed in buffered formalin for 24 hours and embedded in paraplast. Serial sections of 4 microns thick, were stained with HE, for stereological analysis. The average glandular cells in the rabbit's GBU was 19.50x10(5)mm(3) (SD 2.35), and for the guinea pig 10.57x10(5)mm(3) (SD 2.07), and the average percentage of glandular tissue was 25.52% (SD 2.20) and 17.20% (SD 3.33) respectively. All stereological parameters were compared statistically significant difference (p<0.0001). These differences could be explained because there is a closer epithelial cell secretory acinar, smaller lumen diameter and nucleus to cytoplasm ratio in the rabbit's GBU. Thus, the acini of the GBU had a greater number of cells per mm(3) in the rabbit's GBU. These parameters can be influenced by hormonal factors, age, seasonal and environmental among others. Consider the morphological characteristics of the GBU in these animals could affect the successful reproduction by the male.Las glándulas bulbouretrales (GBU) en el conejo (Oryctolagus cuniculus) y el cobayo (Cavia porcellus) juegan un papel importante en la fisiología reproductiva. Sin embargo, los aspectos histológicos y estereológicos son escasos. Así, el objetivo de esta investigación fue comparar las características estereológicas entre la GBU de conejo y cobayo como una primera aproximación en la comprensión de las variables morfométricas involucradas en los procesos reproductivos. Se utilizaron cinco conejos y cinco cuyes machos adultos, sanos, obtenidos del Vivero de la Universidad de La Frontera, Temuco, Chile. Se diseccionó la región pélvica, aislando la GBU de cada animal. Se determinó peso y volumen de cada glándula. Estos se fijaron en formalina tamponada durante 24 horas y se incluyeron en paraplast. Secciones seriadas de 4 micras de espesor, fueron teñidas con HE, para análisis estereológico. El promedio de células glandulares en la GBU del conejo fue 19.50x10(5)mm(3) (SD 2.35), y para el conejillo de Indias 10.57x10(5)mm(3) (SD 2.07), y el porcentaje promedio de tejido glandular fue 25,52% (DE 2,20) y 17,20% (DE 3,33) respectivamente. Todos los parámetros estereológicos se compararon con diferencia estadísticamente significativa (p<0,0001). Estas diferencias podrían explicarse porque hay un acinar secretor de células epiteliales más cercano, un diámetro de luz y una proporción de núcleo a citoplasma más pequeños en la GBU del conejo. Así, los ácinos de la GBU tenían un mayor número de células por mm(3) en la GBU del conejo. Estos parámetros pueden verse influenciados por factores hormonales, de edad, estacionales y ambientales entre otros. Considerar que las características morfológicas de la GBU en estos animales podrían afectar la reproducción exitosa por parte del macho.