The psychological effects of the COVID-19 pandemic still represent a focus of concern, especially in children and adolescents who are a group particularly vulnerable to the psychological consequences of the COVID-19 pandemic, mainly due to the loss of socialization and leisure spaces. The aim of the study is to determine the variation in the levels of depressive and anxious symptomatology in children and adolescents in the North of Chile. Methods: A Repeated cross-sectional design (RCS) was used. The sample consisted of a total of 475 students aged 12 to 18 years (high school) from educational establishments in the city of Arica. To evaluate the changes in the mental health of students associated with the COVID-19 pandemic, the same mental health measures applied to students were compared in two waves (2018-2021). Results: An increase in the symptomatology levels of depression, anxiety, social anxiety, and problems with the family, while a decrease in problems with school and peers was observed. Conclusions: The results show that there is an increase in mental health problems associated with the periods of time in which the COVID-19 pandemic transformed the social relation spaces and classrooms of secondary school students. The observed changes point to future challenges, which include that it may be important to improve the coordination and integration of mental health professionals in educational centers and schools.Los efectos psicológicos de la pandemia de COVID-19 siguen representando un foco de preocupación, especialmente en niños y adolescentes que son un grupo particularmente vulnerable a las consecuencias psicológicas de la pandemia de COVID-19, principalmente por la pérdida de espacios de socialización y ocio. El objetivo del estudio es determinar la variación en los niveles de sintomatología depresiva y ansiosa en niños y adolescentes del Norte de Chile. Métodos: Se utilizó un diseño transversal repetido (RCS). La muestra estuvo conformada por un total de 475 estudiantes de 12 a 18 años (bachillerato) de establecimientos educativos de la ciudad de Arica. Para evaluar los cambios en la salud mental de los estudiantes asociados con la pandemia de COVID-19, se compararon las mismas medidas de salud mental aplicadas a los estudiantes en dos oleadas (2018-2021). Resultados: Se observó un aumento en los niveles de sintomatología de depresión, ansiedad, ansiedad social y problemas con la familia, mientras que se observó una disminución en los problemas con la escuela y los compañeros. Conclusiones: Los resultados muestran que existe un aumento de los problemas de salud mental asociados a los periodos de tiempo en que la pandemia del COVID-19 transformó los espacios de relación social y las aulas de los estudiantes de secundaria. Los cambios observados apuntan a retos futuros, entre los que se encuentra que puede ser importante mejorar la coordinación e integración de los profesionales de la salud mental en los centros educativos y escuelas.