The current genetic makeup of Latin America has been shaped by a history of extensive admixture between Africans, Europeans and Native Americans, a process taking place within the context of extensive geographic and social stratification. We estimated individual ancestry proportions in a sample of 7,342 subjects ascertained in five countries (Brazil, Chile, Colombia, Mexico and Peru). These individuals were also characterized for a range of physical appearance traits and for self-perception of ancestry. The geographic distribution of admixture proportions in this sample reveals extensive population structure, illustrating the continuing impact of demographic history on the genetic diversity of Latin America. Significant ancestry effects were detected for most phenotypes studied. However, ancestry generally explains only a modest proportion of total phenotypic variation. Genetically estimated and self-perceived ancestry correlate significantly, but certain physical attributes have a strong impact on self-perception and bias self-perception of ancestry relative to genetically estimated ancestry.La composición genética actual de América Latina ha sido moldeada por una historia de amplia mezcla entre africanos, europeos y nativos americanos, un proceso que tiene lugar en el contexto de una extensa estratificación geográfica y social. Estimamos proporciones de ascendencia individual en una muestra de 7.342 sujetos determinados en cinco países (Brasil, Chile, Colombia, México y Perú). Estos individuos también se caracterizaron por una variedad de rasgos de apariencia física y por la autopercepción de la ascendencia. La distribución geográfica de las proporciones de mezcla en esta muestra revela una estructura poblacional extensa, lo que ilustra el impacto continuo de la historia demográfica en la diversidad genética de América Latina. Se detectaron efectos de ascendencia significativos para la mayoría de los fenotipos estudiados. Sin embargo, la ascendencia generalmente explica solo una modesta proporción de la variación fenotípica total. La ascendencia estimada genéticamente y la autopercibida se correlacionan significativamente, pero ciertos atributos físicos tienen un fuerte impacto en la autopercepción y sesgan la autopercepción de la ascendencia en relación con la ascendencia estimada genéticamente.