The green turtle (Chelonia mydas) is a globally distributed marine species whose evolutionary history has been molded by geological events and oceanographic and climate changes. Divergence between Atlantic and Pacific clades has been associated with the uplift of the Panama Isthmus, and inside the Pacific region, a biogeographic barrier located west of Hawaii has restricted the gene flow between Central/Eastern and Western Pacific populations. We investigated the carapace shape of C. mydas from individuals of Atlantic, Eastern Pacific, and Western Pacific genetic lineages using geometric morphometrics to evaluate congruence between external morphology and species' phylogeography. Furthermore, we assessed the variation of carapace shape according to foraging grounds. Three morphologically distinctive groups were observed which aligned with predictions based on the species' lineages, suggesting a substantial genetic influence on carapace shape. Based on the relationship between this trait and genetic lineages, we propose the existence of at least three distinct morphotypes of C. mydas. Well-defined groups in some foraging grounds (Galapagos, Costa Rica and New Zealand) may suggest that ecological or environmental conditions in these sites could also be influencing carapace shape in C. mydas. Geometric morphometrics is a suitable tool to differentiate genetic lineages in this cosmopolitan marine species. Consequently, this study opens new possibilities to explore and test ecological and evolutionary hypotheses in species with wide morphological variation and broad geographic distribution range.La tortuga verde (Chelonia mydas) es una especie marina distribuida globalmente cuya historia evolutiva ha sido moldeada por eventos geológicos y cambios oceanográficos y climáticos. La divergencia entre los clados del Atlántico y el Pacífico se ha asociado con el levantamiento del istmo de Panamá, y dentro de la región del Pacífico, una barrera biogeográfica ubicada al oeste de Hawái ha restringido el flujo de genes entre las poblaciones del Pacífico central/oriental y occidental. Investigamos la forma del caparazón de C. mydas de individuos de linajes genéticos del Atlántico, Pacífico Oriental y Pacífico Occidental utilizando morfometría geométrica para evaluar la congruencia entre la morfología externa y la filogeografía de la especie. Además, evaluamos la variación de la forma del caparazón según las zonas de alimentación. Se observaron tres grupos morfológicamente distintivos que se alinearon con las predicciones basadas en los linajes de las especies, lo que sugiere una influencia genética sustancial en la forma del caparazón. Con base en la relación entre este rasgo y los linajes genéticos, proponemos la existencia de al menos tres morfotipos distintos de C. mydas. Grupos bien definidos en algunas áreas de alimentación (Galápagos, Costa Rica y Nueva Zelanda) pueden sugerir que las condiciones ecológicas o ambientales en estos sitios también podrían estar influyendo en la forma del caparazón en C. mydas. La morfometría geométrica es una herramienta adecuada para diferenciar linajes genéticos en esta cosmopolita especie marina. En consecuencia, este estudio abre nuevas posibilidades para explorar y probar hipótesis ecológicas y evolutivas en especies con amplia variación morfológica y amplio rango de distribución geográfica.