For decades anthropologists have discussed how and when the Americas were peopled. The prevailing view is that the first Paleoindians, ancestors of the Amerindians, arrived from Asia and Beringia to the American continent using a Pacific coastal route in pre-Clovis times. In this article skeletal remains dated 9000-4000 BP, excavated from archaeological sites in northern, central and southern Chile, were analyzed using geometric morphometric and ancient mtDNA techniques. Results indicate that the ancient cranial material from southwestern South America exhibit a wide range of cranial vault shape variation which is independent of chronology. mtDNA restriction and sequence analysis performed on the same skeletal remains, revealed only the presence of the main four founding mtDNA haplogroups (A, B, C and D) as early as 9,000 BP. Our results using morphometric and molecular mtDNA haplogroup data show that human populations inhabiting the Americas during archaic times can not be considered as belonging to two different groups on the basis of analyzed data. These results are consistent with those recently obtained using complete sequence mtDNA analyses.Durante décadas, los antropólogos han discutido cómo y cuándo se poblaron las Américas. La opinión predominante es que los primeros paleoindios, ancestros de los amerindios, llegaron desde Asia y Beringia al continente americano utilizando una ruta costera del Pacífico en tiempos anteriores a Clovis. En este artículo se analizaron restos óseos fechados entre 9000-4000 AP, excavados en sitios arqueológicos del norte, centro y sur de Chile, utilizando técnicas de morfometría geométrica y ADNmt antiguo. Los resultados indican que el material craneal antiguo del suroeste de América del Sur exhibe una amplia gama de variaciones en la forma de la bóveda craneal que es independiente de la cronología. El análisis de restricción y secuencia de mtDNA realizado en los mismos restos óseos reveló solo la presencia de los cuatro principales haplogrupos de mtDNA fundadores (A, B, C y D) ya en 9.000 AP. Nuestros resultados utilizando datos morfométricos y moleculares de haplogrupos de mtDNA muestran que las poblaciones humanas que habitaron las Américas durante la época arcaica no pueden considerarse como pertenecientes a dos grupos diferentes sobre la base de los datos analizados. Estos resultados son consistentes con los obtenidos recientemente utilizando análisis de ADNmt de secuencia completa.