Background Current South American populations trace their origins mainly to three continental ancestries, i.e. European, Amerindian and African. Individual variation in relative proportions of each of these ancestries may be confounded with socio-economic factors due to population stratification. Therefore, ancestry is a potential confounder variable that should be considered in epidemiologic studies and in public health plans. However, there are few studies that have assessed the ancestry of the current admixed Chilean population. This is partly due to the high cost of genome-scale technologies commonly used to estimate ancestry. In this study we have designed a small panel of SNPs to accurately assess ancestry in the largest sampling to date of the Chilean mestizo population (n = 3349) from eight cities. Our panel is also able to distinguish between the two main Amerindian components of Chileans: Aymara from the north and Mapuche from the south. Results A panel of 150 ancestry-informative markers (AIMs) of SNP type was selected to maximize ancestry informativeness and genome coverage. Of these, 147 were successfully genotyped by KASPar assays in 2843 samples, with an average missing rate of 0.012, and a 0.95 concordance with microarray data. The ancestries estimated with the panel of AIMs had relative high correlations (0.88 for European, 0.91 for Amerindian, 0.70 for Aymara, and 0.68 for Mapuche components) with those obtained with AXIOM LAT1 array. The country's average ancestry was 0.53 +/- 0.14 European, 0.04 +/- 0.04 African, and 0.42 +/- 0.14 Amerindian, disaggregated into 0.18 +/- 0.15 Aymara and 0.25 +/- 0.13 Mapuche. However, Mapuche ancestry was highest in the south (40.03%) and Aymara in the north (35.61%) as expected from the historical location of these ethnic groups. We make our results available through an online app and demonstrate how it can be used to adjust for ancestry when testing association between incidence of a disease and nongenetic risk factors. Conclusions We have conducted the most extensive sampling, across many different cities, of current Chilean population. Ancestry varied significantly by latitude and human development. The panel of AIMs is available to the community for estimating ancestry at low cost in Chileans and other populations with similar ancestry.Antecedentes Las poblaciones sudamericanas actuales remontan sus orígenes principalmente a tres ancestros continentales, es decir, europeos, amerindios y africanos. La variación individual en las proporciones relativas de cada uno de estos ancestros puede confundirse con factores socioeconómicos debido a la estratificación de la población. Por lo tanto, la ascendencia es una variable de confusión potencial que debe ser considerada en los estudios epidemiológicos y en los planes de salud pública. Sin embargo, existen pocos estudios que hayan evaluado la ascendencia de la actual población mestiza chilena. Esto se debe en parte al alto costo de las tecnologías a escala del genoma comúnmente utilizadas para estimar la ascendencia. En este estudio, hemos diseñado un pequeño panel de SNP para evaluar con precisión la ascendencia en el muestreo más grande hasta la fecha de la población mestiza chilena (n = 3349) de ocho ciudades. Nuestro panel también es capaz de distinguir entre los dos principales componentes amerindios de los chilenos: aymara del norte y mapuche del sur. Resultados Se seleccionó un panel de 150 marcadores informativos de ascendencia (AIM) de tipo SNP para maximizar la información de ascendencia y la cobertura del genoma. De estos, 147 fueron genotipados con éxito mediante ensayos KASPar en 2843 muestras, con una tasa promedio de faltantes de 0,012 y una concordancia de 0,95 con los datos de micromatrices. Las ascendencias estimadas con el panel de AIMs tuvieron correlaciones relativamente altas (0.88 para componentes europeos, 0.91 para amerindios, 0.70 para aimaras y 0.68 para mapuches) con las obtenidas con el arreglo AXIOM LAT1. La ascendencia promedio del país fue 0,53 +/- 0,14 europea, 0,04 +/- 0,04 africana y 0,42 +/- 0,14 amerindia, desagregada en 0,18 +/- 0,15 aymara y 0,25 +/- 0,13 mapuche. Sin embargo, la ascendencia mapuche fue más alta en el sur (40,03%) y aymara en el norte (35,61%), como se esperaba de la ubicación histórica de estos grupos étnicos. Ponemos a disposición nuestros resultados a través de una aplicación en línea y demostramos cómo se puede usar para ajustar la ascendencia al probar la asociación entre la incidencia de una enfermedad y los factores de riesgo no genéticos. Conclusiones Hemos realizado el muestreo más extenso, en muchas ciudades diferentes, de la población chilena actual. La ascendencia varió significativamente según la latitud y el desarrollo humano. El panel de AIMs está a disposición de la comunidad para la estimación de ascendencia a bajo costo en chilenos y otras poblaciones con ascendencia similar.