Establishing the genetic basis that underlies craniofacial variability in natural populations is one of the main topics of evolutionary and developmental studies. One of the genes associated with mammal craniofacial variability is RUNX2, and in the present study we investigated the association between craniofacial length and width and RUNX2 across New World bats (Phyllostomidae) and primates (Catarrhini and Platyrrhini). Our results showed contrasting patterns of association between the glutamate/alanine ratios (Q/A ratio) and palate shape in these highly diverse groups. In phyllostomid bats, we found an association between shorter/broader faces and increase of the Q/A ratio. In New World monkeys (NWM) there was a positive correlation of increasing Q/A ratios to more elongated faces. Our findings reinforced the role of the Q/A ratio as a flexible genetic mechanism that would rapidly change the time of skull ossification throughout development. However, we propose a scenario in which the influence of this genetic adjustment system is indirect. The Q/A ratio would not lead to a specific phenotype, but throughout the history of a lineage, would act along with evolutionary constraints, as well as other genes, as a facilitator for adaptive morphological changes.Establecer la base genética que subyace a la variabilidad craneofacial en poblaciones naturales es uno de los temas principales de los estudios evolutivos y de desarrollo. Uno de los genes asociados con la variabilidad craneofacial de los mamíferos es RUNX2, y en el presente estudio investigamos la asociación entre la longitud y el ancho craneofacial y RUNX2 en murciélagos del Nuevo Mundo (Phyllostomidae) y primates (Catarrhini y Platyrrhini). Nuestros resultados mostraron patrones contrastantes de asociación entre las proporciones de glutamato/alanina (relación Q/A) y la forma del paladar en estos grupos altamente diversos. En murciélagos filostómidos, encontramos una asociación entre caras más cortas/anchas y un aumento de la relación Q/A. En los monos del Nuevo Mundo (NWM, por sus siglas en inglés) hubo una correlación positiva entre el aumento de las proporciones Q/A y las caras más alargadas. Nuestros hallazgos reforzaron el papel de la relación Q/A como un mecanismo genético flexible que cambiaría rápidamente el tiempo de osificación del cráneo a lo largo del desarrollo. Sin embargo, proponemos un escenario en el que la influencia de este sistema de ajuste genético es indirecta. La relación Q/A no conduciría a un fenotipo específico, pero a lo largo de la historia de un linaje, actuaría junto con las restricciones evolutivas, así como otros genes, como facilitador de cambios morfológicos adaptativos.