Background: Amerindian admixture is an important parameter to consider in epidemiological studies in American countries, to make a proper selection of cases and controls. Aim: To compare Amerindian admixture estimates obtained using ABO(star)A and ABO(star)O blood group alleles and ancestral identity markers (AIMs) in the mixed Chilean population. Subjects and Methods: Amerindian admixture rates were determined in 720 Chilean volunteers residing in Arica and born in the 15 regions of the country, using ABO(star)O and ABO(star)A alleles and 40 AIMs selected from more than 500,000 single nucleotide polymorphisms (SNP's). Results: Mean admixture estimates obtained using ABO(star)O and ABO(star)A alleles and ATM's were 35, 47% and 48% respectively. There was concordance in estimates, with the exception of the admixture based on ABO(star)O allele and AIMs. Conclusions: In Chile, Amerindian admixture estimates obtained using ABO(star)A could be used as an alternative to AIMs in justified cases provided the sample size is reasonably large.Antecedentes: la mezcla amerindia es un parámetro importante a considerar en estudios epidemiológicos en países americanos, para realizar una adecuada selección de casos y controles. Objetivo: Comparar las estimaciones de mezclas amerindias obtenidas utilizando los alelos de los grupos sanguíneos ABO(estrella)A y ABO(estrella)O y los marcadores de identidad ancestral (AIM) en la población mixta chilena. Sujetos y Métodos: Se determinaron las tasas de mezcla de amerindios en 720 voluntarios chilenos residentes en Arica y nacidos en las 15 regiones del país, utilizando los alelos ABO(estrella)O y ABO(estrella)A y 40 AIM seleccionados de más de 500.000 polimorfismos de un solo nucleótido. (SNP). Resultados: Las estimaciones de mezcla medias obtenidas usando los alelos ABO(estrella)O y ABO(estrella)A y ATM fueron 35, 47% y 48% respectivamente. Hubo concordancia en las estimaciones, con la excepción de la mezcla basada en el alelo ABO(estrella)O y los AIM. Conclusiones: En Chile, las estimaciones de mezclas amerindias obtenidas utilizando ABO(star)A podrían usarse como una alternativa a los AIM en casos justificados siempre que el tamaño de la muestra sea razonablemente grande.