The large and diverse population of Latin America is potentially a powerful resource for elucidating the genetic basis of complex traits through admixture mapping. However, no genome-wide characterization of admixture across Latin America has yet been attempted. Here, we report an analysis of admixture in thirteen Mestizo populations (i.e. in regions of mainly European and Native settlement) from seven countries in Latin America based on data for 678 autosomal and 29 X-chromosome microsatellites. We found extensive variation in Native American and European ancestry ( and generally low levels of African ancestry) among populations and individuals, and evidence that admixture across Latin America has often involved predominantly European men and both Native and African women. An admixture analysis allowing for Native American population subdivision revealed a differentiation of the Native American ancestry amongst Mestizos. This observation is consistent with the genetic structure of pre-Columbian populations and with admixture having involved Natives from the area where the Mestizo examined are located. Our findings agree with available information on the demographic history of Latin America and have a number of implications for the design of association studies in population from the region.La población grande y diversa de América Latina es potencialmente un recurso poderoso para dilucidar la base genética de rasgos complejos a través del mapeo de mezclas. Sin embargo, aún no se ha intentado una caracterización de la mezcla en todo el genoma en América Latina. Aquí, informamos un análisis de mezcla en trece poblaciones mestizas (es decir, en regiones de asentamiento principalmente europeo y nativo) de siete países de América Latina en base a datos de 678 microsatélites autosómicos y 29 del cromosoma X. Encontramos una amplia variación en la ascendencia nativa americana y europea (y generalmente niveles bajos de ascendencia africana) entre poblaciones e individuos, y evidencia de que la mezcla en América Latina a menudo ha involucrado predominantemente a hombres europeos y mujeres nativas y africanas. Un análisis de mezcla que permitió la subdivisión de la población de nativos americanos reveló una diferenciación de la ascendencia de nativos americanos entre los mestizos. Esta observación es consistente con la estructura genética de las poblaciones precolombinas y con la mezcla que involucra a los nativos del área donde se encuentran los mestizos examinados. Nuestros hallazgos concuerdan con la información disponible sobre la historia demográfica de América Latina y tienen una serie de implicaciones para el diseño de estudios de asociación en población de la región.