Self-perception of ethnicity is a complex social trait shaped by both, biological and non-biological factors. We developed a comprehensive analysis of ethnic self-perception (ESP) on a large sample of Latin American mestizos from five countries, differing in age, socio-economic and education context, external phenotypic attributes and genetic background. We measured the correlation of ESP against genomic ancestry, and the influence of physical appearance, socio-economic context, and education on the distortion observed between both. Here we show that genomic ancestry is correlated to aspects of physical appearance, which in turn affect the individual ethnic self-perceived ancestry. Also, we observe that, besides the significant correlation among genomic ancestry and ESP, specific physical or socio-economic attributes have a strong impact on self-perception. In addition, the distortion among ESP and genomic ancestry differs across age ranks/countries, probably suggesting the underlying effect of past public policies regarding identity. Our results indicate that individuals' own ideas about its origins should be taken with caution, especially in aspects of modern life, including access to work, social policies, and public health key decisions such as drug administration, therapy design, and clinical trials, among others.La autopercepción de la etnicidad es un rasgo social complejo conformado por factores biológicos y no biológicos. Desarrollamos un análisis integral de la autopercepción étnica (ESP) en una muestra grande de mestizos latinoamericanos de cinco países, que difieren en edad, contexto socioeconómico y educativo, atributos fenotípicos externos y antecedentes genéticos. Medimos la correlación de ESP contra la ascendencia genómica y la influencia de la apariencia física, el contexto socioeconómico y la educación en la distorsión observada entre ambos. Aquí mostramos que la ascendencia genómica está correlacionada con aspectos de la apariencia física, que a su vez afectan la ascendencia étnica autopercibida del individuo. Además, observamos que, además de la correlación significativa entre ascendencia genómica y ESP, atributos físicos o socioeconómicos específicos tienen un fuerte impacto en la autopercepción. Además, la distorsión entre ESP y ascendencia genómica difiere entre rangos de edad/países, lo que probablemente sugiere el efecto subyacente de las políticas públicas anteriores con respecto a la identidad. Nuestros resultados indican que las propias ideas de los individuos sobre sus orígenes deben tomarse con cautela, especialmente en aspectos de la vida moderna, incluido el acceso al trabajo, las políticas sociales y las decisiones clave de salud pública, como la administración de medicamentos, el diseño de terapias y los ensayos clínicos, entre otros. otros.