In this work we present a novel method to segment Corpus Callosum in Magnetic Resonance Images (MRI) using U-Net, a Fully Convolutional Neural Network. We trained the U-Net using two public datasets and evaluated the trained model in a test set also obtained from these two public datasets. Results are obtained making comparisons using the Structural Similarity Index (SSIM) and Dice Coefficient between the Ground Truth and the Predicted image.Apresentamos neste trabalho um novo método para segmentar o Corpo Caloso em imagens de ressonância magnética (MRI) usando U-Net, uma rede puramente convolucional. Treinamos a U-Net usando dois datasets públicos e validamos o modelo treinado em um conjunto de teste também obtido a partir destes datasets públicos. Os resultados são obtidos realizando comparações usando o Índice de Similaridade Estrutural (SSIM) e o coeficiente Dice entre a imagem gabarito e a imagem gerada pelo modelo.