Um dos maiores desafios do controle da malária é a resistência do parasito aos antimaláricos. A biologia molecular tem permitido a c ompreensão desse fenótipo com o estudo de marcadores associados a ela, tais c omo o Polimorfismo de Base Única (SNP) e o Polimorfismo de Variação de Número de Cópias Gênicas (CNV). Alterações gênicas atribuídas ao CNV podem levar a alt erações fenotípicas no parasito, conferindo resistência ou suscetibilidade aos antimaláricos. Sua presença foi relacionada com a falha terapêutica a drogas com o cloroquina (CQ) e mefloquina (MQ) em diversas regiões do mundo. Os genes pfmdr1 e pfgch1 de P. falciparum e pvmdr1 de P. vivax são relacionados com resistência a diferentes fármacos. Entretanto, no Brasil poucos estudos carac terizaram esses genes quanto à presença de CNVs, sendo que sua maioria investigou a diversidade genética associada aos SNPs. O objetivo deste estudo foi inves tigar a presença de CNV nos genes pfmdr1 e pfgch1 de P. falciparum e pvmdr1 e pvcrt-o de P. vivax , assim como SNPs nos genes pfcrt e pfmdr1 de P. falciparum . O CNV foi determinado por qPCR utilizando sondas de hidrólise e os SNPs por PCR-RFL P. As amostras foram coletadas entre 2002 a 2012, em 3 diferentes estado s brasileiros – Mato Grosso (n=31), Rondônia (n=27) e Amapá (n=10). As 31 amostr as analisadas de P. falciparum apresentaram cópia única para pfmdr1 e pfgch1 , apesar do histórico de resistência do parasito a vários antimaláricos util izados ao longo do tempo no Brasil. Entretanto, um importante SNP em pfcrt (K76T), relacionado com resistência à CQ, foi identificado em todas as amostras analisa das. Nesse estudo, também foram analisados 38 isolados de P. vivax , sendo reportado a amplificação gênica em 7 (18%) amostras para pvmdr1. No sudoeste asiático altas taxas de CNV em pvmdr1 foram reportadas (38%), sendo relatado por um único estudo no Brasil (0,9% de amplificação). Um resultado importante des se estudo foi a observação, pela primeira vez, da amplificação de pvcrt-o . Embora estudos anteriores o associem com resistência e casos graves da doença, n enhum avaliou a presença de CNV em pvcrt-o . Este estudo é um dos primeiros a avaliar a presen ça de CNV nos genes pvmdr1 , pvcrt-o e pfgch1 no Brasil, assim como estudar a distribuição de CNV no mundo através de uma revisão sistemática.FAPEMIGCNPqCAPESFundação Oswaldo CruzOne of the greatest challenges on malaria control is the parasite resistance to antimalarials. Molecular genotyping aims to identify and to monitor genetic markers related to parasite resistance, as single nucleotide polymorphisms (SNP) and copy number variation (CNV). Genetic alterations related to CNV could lead to phenotypic alterations in parasite, conferring resis tance or susceptibility to antimalarials. The presence of CNV was identified e r elated with therapeutic failure to drugs like chloroquine and mefloquine in different regions of the world. The mdr1 and gch1 genes of P. falciparum and mdr1 of P. vivax are related with resistance, however in Brazil few studies have characterized these genes in relation to CNV, being more associated with SNPs. The objective of this project was investigate the presence of CNV in pfmdr1 and pfgch1 genes and pvmdr1 and pvcrt-o , as well as evaluate SNP on mdr1 and crt genes of P. falciparum. The CNV was estimated by qPCR using the TaqMan Universal PCR Master Mix (Applied Biosystems) system and SNPs was assessed by RFLP-PCR. The samples comprise a period between 2002 to 2012 from 3 different areas of Brazil – Mato Grosso (n=31), Rondônia (n=27) and Amapá (n=10). All 31 samples analyzed to P. falciparum showed no amplification to mdr1 and gch1 genes. However, an important SNP on crt gene (K76T), related to chloroquine resistance, was observe d. Despite the resistance history in Brazil, in this study the CNV was not prese nt on the P. falciparum genes. To the 38 P. vivax isolates, amplification was observed in 7 samples t o mdr1 gene e 1 to crt-o . The change on the therapeutic scheme could be rela ted to the reversion of the genetic amplification genotype, with the withdra wal of drug with historic of resistance, as chloroquine. High rates of CNV are obse rved in Southeast Asia countries (reaching 38%), but in Brazil just one stud y reported a low rate of amplification (0,9%). For the first time, the prese nce of CNV on pvcrt-o was reported in Brazilian samples. Other studies have associated this gene with resistance and severe cases, but none evaluated the association of CNV and this outcome. This study is one of the first to evaluate CNV on pvmdr1 , pvcrt-o and pfgch1 in Brazil, as well as to evaluate the CNV distribution in the world through a systematic review.