Esta tese analisa a cooperação institucional entre Ministério da Saúde e instituições de ensino para implementação do Programa de Melhoria do Acesso e da Qualidade da Atenção Básica, com ênfase no processo histórico. A proposta teórico-metodológica deste estudo de caso utilizou referencial teórico da Sociologia para subsidiar uma análise de políticas, baseada no Neoinstitucionalismo Histórico. Foram realizadas análise bibliográfica, documental e entrevistas semiestruturadas com gestores do Ministério da Saúde, representantes nacionais dos estados, dos municípios e da academia, no período de 2011 a 2019. A história dessa cooperação foi influenciada pelo contexto político-institucional do governo federal; pelos atores com interesses, ideias e posições distintas; por legados históricos que determinaram a sua trajetória. A configuração do governo federal e do Ministério da Saúde em 2011 predispôs envolvimento de instituições acadêmicas, visando apoio técnico-político à implementação do programa. A cooperação reuniu gestores públicos e acadêmicos mediante arranjo institucional singular, criação de regras para tomada de decisão e espaços de poder compartilhados; e encerrou com o fim do programa, no contexto de mudança institucional no governo federal e troca de dirigentes no Ministério da Saúde. A interação governo-academia foi marcada por conflitos de interesses inerentes às posições distintas e, por vezes, contraditórias dos atores envolvidos. As interações e decisões dos atores foram influenciadas pela natureza das instituições, pela dinâmica política do Sistema Único de Saúde e pelas normas acadêmicas. A rede colaborativa formada por Instituições de Ensino ampliou a capacidade institucional do Ministério da Saúde para efetivação de uma iniciativa avaliativa no sistema de saúde. Este estudo permite compreender a atuação de governos na implementação de políticas públicas e as respectivas formas de interação com setores da sociedade em distintos contextos políticosinstitucionais.This article analyzes the institutional cooperation between the Brazilian Ministry of Health and educational institutions for the implementation of the Programme for Improving Access and Quality of Primary Care, with an emphasis on the historical process. The theoreticalmethodological proposal of this study of case used the theoretical framework of Sociology to support an analysis of policies, based on Historical Neoinstitutionalism. Bibliographic and documentary analysis as well as semi-structured interviews were carried out with managers of the Ministry of Health, national representatives of states, municipalities and academia, from 2011 to 2019. The history of this cooperation was influenced by the political-institutional context of the federal government; by actors with different interests, ideas and positions; and by historical legacies that determined its trajectory. The configuration of the federal government and the Ministry of Health in 2011 predisposed the involvement of academic institutions, seeking technical-political support for the implementation of the program. The cooperation brought together public and academic managers through a unique institutional arrangement, creation of rules for decision-making and shared spaces of power; and it was finished with the end of the program, in the context of institutional change in the federal government and change of directors in the Ministry of Health. The government-academy interaction was marked by conflicts of interest inherent to the different and, at times, contradictory positions of the actors involved. The actors' interactions and decisions were influenced by the nature of the institutions, the political dynamics of the Unified Health System and academic norms. The collaborative network formed by Educational Institutions expanded the institutional capacity of the Ministry of Health to carry out an evaluative initiative in the health system. This study allows us to understand the role of governments in the implementation of public policies and the respective forms of interaction with sectors of society in different political-institutional contexts.