Objetivo: Analisar a evolução clínica, laboratorial e a adesão após troca do esquema de resgate, baseado na genotipagem, em crianças e adolescentes com HIV/aids com falha terapêutica. Métodos: Estudo de coorte com análise de 45 prontuários em um ano de seguimento. Os pacientes foram divididos em grupos com apenas um fármaco ativo (grupo 1) e dois ou mais fármacos ativos no resultado da genotipagem (grupo 2). A falha terapêutica foi avaliada sob os critérios virológicos, imunológicos e clínicos. Também foi avaliada a adesão ao tratamento. Resultados: O grupo 2 apresentou 57,5% dos pacientes com carga viral indetectável e o grupo 1 41,6%. Após três meses de tratamento 53% dos pacientes do grupo 2 apresentou contagem CD4 adequada (p=0,031). O adoecimento em ambos os grupos caiu cerca de 50% ao final de um ano de seguimento. O grupo 2 apresentou crescimento adequado aos três meses de seguimento (p=0,004) e aos seis meses (p=0,012). Observou-se melhora na adesão após um ano com o esquema de resgate para ambos os grupos. Conclusões: O grupo de duas ou mais drogas ativas pareceu apresentar melhor resposta clínica e laboratorial. O grupo com uma droga ativa apresentou uma redução na taxa de adoecimento. Importante identificar falhas terapêuticas, utilizar o teste de genotipagem na escolha do esquema de resgate, e que o mesmo contenha pelo menos duas drogas ativas, e estimular a adesão de forma prioritária entre as crianças e adolescentes com HIV/aids, para que eles tenham uma melhor qualidade de vida.