La microencapsulación es una técnica que consiste en contener diferentes compuestos líquidos, sólidos o volátiles. Esto permite preservar las características de estos compuestos, protegiéndolos de factores ambientales con los que habitualmente se verían afectados. El objetivo de este estudio fue evaluar la producción, emulsión, condiciones de almacenamiento y aplicación de microcápsulas de aceite de café tostado. Además, se caracterizaron las propiedades fisicoquímicas de las microcápsulas y se evaluó el efecto de la aplicación de las microcápsulas almacenadas a temperaturas de 25 y 31 °C y humedades relativas de 50 y 60% durante 30 días, a una bebida de café instantáneo. Se utilizó un diseño de Bloques Completos al Azar (BCA) con medidas repetidas en el tiempo. Se realizó una evaluación discriminativa para determinar diferencia entre bebidas de café instantáneo con y sin microcápsulas utilizando una prueba triangular. Como resultado de la investigación, se obtuvo una eficiencia de microencapsulación de 84.39% utilizando una relación 3:1 entre material de pared (capsule®, Ingredion) y material de relleno aceite de café. Hubo diferencia significativa (P < 0.05) entre las variables de color y acidez influenciadas por el tiempo. No se encontró diferencia significativa (P < 0.05) en la evaluación sensorial entre los dos tipos de café instantáneo con y sin microcápsulas. Se recomienda evaluar otros materiales o mezclas de material de pared para mejorar la eficiencia de microencapsulación, además, evaluar otras concentraciones de microcápsulas aplicadas en café instantáneo para encontrar diferencias y luego hacer una prueba de aceptación.