Tesis Doctorado
Desarrollo de potenciales estadísticos efectivos para el estudio de los determinantes involucrados en el reconocimiento molecular entre adn y proteínas
Autor
Norambuena-Arenas, Tomas Alberto
Institución
Resumen
La unión ADN-proteína es fundamental para procesos celulares tan importantescomo la expresión génica y la división celular. Desde la obtención de las primeras estructuras de complejos ADN-proteína a resolución atómica, el conocimiento acerca de cómo los factores que unen ADN llevan a cabo su labor, ha aumentado en forma considerable en los últimos veinte años.El reconocimiento ADN-proteína se lleva a cabo mediante dos mecanismos que ocurren simultáneamente: lectura directa, es decir, por medio de contactos directosentre aminoácidos y nucleótidos; y lectura indirecta, donde la flexibilidad de ADN juega un rol importante. Aunque, los primeros estudios de la unión ADN-proteína daban cuenta de la existencia de contactos químicos puntuales, hoy es sabido que el reconocimiento es mucho más complejo, no habiéndose encontrado aún patrones claros o relaciones determinísticas.Existen distintas aproximaciones para predecir sitios de unión de proteína en el ADN: los métodos basados en secuencia, que utilizan perfiles derivados a partir del alineamiento de secuencias consenso y los métodos basados en estructura, queutilizan información a partir de estructuras de complejos ADN-proteína resueltas por cristalografía de rayos-X o NMR. Los métodos más populares son los basados en secuencia, debido a que son más sencillos de implementar y utilizar. Respecto a los basados en estructura, algunos autores han aplicado potenciales estadísticos, utilizados para la predicción de la estructura tridimensional de proteínas.En esta investigación se desarrollaron nuevos potenciales estadísticos clásicos y variantes del tipo efectivo para evaluar la interacción ADN-proteína, ambos utilizando distintas parametrizaciones. Para ello se obtuvo un conjunto representativo de complejos ADN-proteína, extraído de una base de datos de interfases creada en esta misma investigación, el cual fue utilizado para derivar los potenciales. Los potenciales clásicos derivados a alta resolución tienen mejor desempeño y poder predictivo que sus versiones respectivas efectivas. Estos potenciales son capaces decapturar determinantes de especificidad del reconocimiento ADN-proteína y sonútiles para la predicción de sitios de unión de factores transcripción en el ADN. PFCHA-Becas Doctor en Ciencias Biológicas Mención Genética Molecular y Microbiología 200p. PFCHA-Becas TERMINADA