En Ecuador y la mayoría de los países productores de cacao en el mundo, las enfermedades con mayor potencial de daño son aquellas causadas por hongos basidiomicetes del género Moniliophthora, entre las cuales están: Moniliophthora roreri (Moniliasis) y Moniliophthora perniciosa (Escoba de bruja). La moniliasis es la enfermedad de mayor preocupación por su severa amenaza a la producción mundial del cacao, (Suárez y Aranzazu 2010). Estudios realizados muestran que, en la zona de Quevedo, los porcentajes de mazorcas enfermas superan el 50% al momento de la cosecha. En la zona norte de Esmeraldas, y nor-oriente amazónico, este porcentaje alcanza hasta el 90%, (Amores et al., 2014) Uno de los principales desafíos del siglo XXI, es sin duda alguna el calentamiento global; ninguna población en el mundo es ajena al llamado efecto invernadero y a sus consecuencias, dadas por el anhídrido carbónico (CO2) y metano (CH4), que emiten dióxido de carbono generado por el excesivo uso de combustibles fósiles (petróleo y carbón) como fuente de energía. Una de las alternativas para mitigar estos efectos es el uso del biodiesel, combustible elaborado a partir de cultivos oleaginosos, aceites vegetales, reciclados y grasas, como sustituyente de los combustibles petroquímicos, logrando cierto balance en las emisiones de carbono (Calderón et al., 2013). Con los antecedentes expuestos se propone el uso de las cáscaras y las semillas provenientes de mazorcas enfermas para obtener biodiesel y abonos orgánicos, como alternativas para disminuir la contaminación en los cultivos y mejorar la calidad del producto que va a la industria chocolatera, además estaría suministrando valor agregado al desarrollo de la cadena productiva del cacao.