El uso de plantas medicinales es una de las terapias médicas más antiguas y extendidas que se remonta a los tiempos prehistóricos, y en la actualidad también las plantas son utilizadas en la preparación de fitofármacos con opciones para curar enfermedades. El ensayo de la determinación de hongos se llevó a cabo en la Planta Piloto de Farmacia (tratamiento de las hojas de las especies vegetales) y el Laboratorio de Microbiología (determinación de hongos de las especies vegetales, utilizando medio de cultivo denominado agar Sabouraud más la muestra vegetal), de la Unidad Académica de Ciencias Químicas y de la Salud, de la Universidad Técnica de Machala. Posteriormente, se realizó el conteo de colonias, tanto macroscópica, que se determina en el medio de cultivo de la siembra, como microscópica, para identificar las formas germinativas usando azul lactofenol. El procedimiento se repitió por duplicado, para obtener réplicas de los datos de los resultados. Se evaluó la determinación  del contenido total de hongos de las siguientes especies vegetales: Cymbopogon citratus (hierba luisa), Melissa officinalis (toronjil), Taraxacum officinale (diente de león), Artemisia absinthium (ajenjo), Piper carpunya (guaviduca), Moringa oleífera (moringa), Coriandrum sativum (cilantro), Momordica charantia (achochilla), Borago  officinalis (borraja), Aloysia citriodora (cedrón), Ambrosia artemisifolia (altamisa) y Ageratum conyzoides (mastranto). Los resultados obtenidos mostraron que todas las muestras de las doce especies vegetales estudiadas presentaron desarrollo de hongos filamentosos, con una gran variabilidad de los mismos, dentro de los límites permisibles y contemplados por el Instituto Ecuatoriano de Normalización (INEN), encontrándose aptos como materia prima para su utilización en la elaboración de nutracéuticos y productos medicinales o fitofármacos; siendo A. conyzoides (mastranto) la única especie que supera la normativa en el promedio de diluciones.The use of medicinal plants is one of the oldest and most extended medical therapies that goes back to prehistoric times, and nowadays they are also used in the preparation of phytopharmaceuticals with options to cure diseases. The test for the determination of fungi was carried out in the Pharmacy Pilot Plant (treatment of the leaves of the plant species) and the Microbiology Laboratory (determination of fungi of the plant species, using growth medium called Sabouraud agar plus the vegetal sample), of the Academic Unit of Chemical Sciences and Health, of the Universidad Técnica de Machala. Subsequently, colony counting was performed, both macroscopic which is determined in the growth medium of the seeding, and microscopic, to identify the germinative forms using blue lactophenol. The procedure was repeated in duplicate to replicate the results data. The determination of the total fungal content of the following plant species was evaluated: Cymbopogon citratus (lemon verbena), Melissa officinalis (lemon balm), Taraxacum officinale (dandelion), Artemisia absinthium (absinthe), Piper carpunya (guaviduca), Moringa oleifera (moringa), Coriandrum sativum (coriander), Momordica charantia (achochilla), Borago officinalis (borage), Aloysia citriodora (cedron), Ambrosia artemisifolia (altamisa) and Ageratum conyzoides (mastrante). The results obtained showed that all the samples of the twelve plant species studied developed filamentous fungi, with a great variability of them, within the permissible limits and contemplated by the Ecuadorian Institute of Normalization (INEN), being suitable as raw material for its use in the preparation of nutraceuticals and medicinal products or phytodrugs; with the exception of A. conyzoides (mastranto) which is the only species that exceeds the regulation in the average of dilutions.