La parasitosis gastrointestinal en primates no humanos demuestra ser una patología frecuente en Medios de Conservación y Manejo Ex Situ (MCME) en el Ecuador y puede ser un factor que imposibilite la rehabilitación y reintroducción. El objetivo de esta investigación fue determinar géneros de parásitos gastrointestinales, presentes en primates de MCME en la Amazonía Ecuatoriana, mediante exámenes coprológicos para diferenciar taxonómicamente a los parásitos gastrointestinales y determinar el manejo sanitario más adecuado de cada MCME en base al estudio. La investigación fue de tipo descriptiva explicativa, con metodología inductiva-deductiva y un diseño de tipo documental, campo y laboratorio. Mediante un muestreo no invasivo de recolección fecal seriada (tres días consecutivos/primate), se tomaron muestras fecales de 62 primates, con solución de formalina al 10% buferada con PBS. Se analizó en laboratorio cada muestra mediante métodos de sedimentación y flotacion fecal. Los parásitos gastrointestinales detectados corresponden a Strongyloides sp. (43.6%), Ancylostoma/Necator/Uncynaria (12.9%), Strongylus tipo (22.6%,) grupos que presentaron alta morbilidad y Prosthenorchis sp. (14.5%) el cual incurrió en una marcada mortalidad. Este último no respondió a los tratamientos aplicados. Considerando la patogenia de cada parásito, se aplicó un tratamiento a primates con altas cargas de parásitos, priorizando así el desarrollo de la inmunidad, y evitando la desparasitación arbitraria. Algunas especies parasitarias pueden mantener un equilibrio con su hospedador primate mientras no se encuentre inmunodeprimido y se realice una limpieza y sanitización adecuada, como es el caso de Strongyloides sp. y otras especies parasitarias. En el caso de Prosthenorchis sp. representa un problema grave de salud evidenciando una mortalidad del 100% en pequeños primates neotropicales como Saimiri sp., Cebuella sp. o Leontocebus sp.