This study collected congenital malformations data in embryos and hatchlings of sea turtle in nests within hatcheries with two forms of incubation (traditional and in sack), in Las Peñitas and Salinas Grandes communities during the nesting season 2019-2020. The sample size was 49 nests per nursery, where newborns were checked immediately and 2 days later the eggs that did not hatch were exhumed. The types of malformations were identified through the comparison of illustrations showing 48 different types of congenital anomalies. The prevalence and intensity of malformations rates were also calculated. A total of 29 types of malformations were identified, distributed among the nurseries as follows: 16 for the Las Peñitas sample and 27 for the Salinas Grandes sample. The most frequent malformations were pigmentation problems and deformations in bone structures, where many of these cases were accompanied by other anomalies in important structures (nose, fins, eyes, etc). The malformation prevalence was 6.9 %, with an intensity of 1.62 malformations per organism in Las Peñitas. meanwhile, congenital abnormalities prevalence was 5.2 % with an intensity of 1.99 malformations per organism in Salinas Grandes. In summary, the malformation prevalence was higher in this study compared to other studies conducted in the region.El presente estudio recopiló datos acerca de las malformaciones congénitas presentes en embriones y neonatos de tortugas marinas, en nidos relocalizados dentro de viveros con dos formas distintas de incubación (tradicional y en saco), en las comunidades de Las Peñitas y Salinas Grandes, durante la temporada de anidación 2019-2020. Los tipos de malformaciones fueron identificadas a través de comparación de ilustraciones que muestran 48 diferentes tipos de anomalías congénitas. Se trabajó con una muestra de 49 nidos por vivero, se revisó a los neonatos recién nacidos y dos días después se exhumaron los huevos que no eclosionaron. También se calcularon los índices de prevalencia e intensidad de malformaciones. Se identificaron 29 tipos de malformaciones, distribuidas entre los viveros de la siguiente manera: 16 para la muestra de Las Peñitas y 27 para la muestra de Salinas Grandes. Las malformaciones más frecuentes fueron los problemas de pigmentación y deformaciones en estructuras óseas, donde muchos de estos casos venían acompañados de otras anomalías en estructuras importantes como nariz, aletas, ojos, etc. La prevalencia registrada en Las Peñitas es de 6.9 %, con una intensidad de 1.62 malformaciones por organismo, en cambio, para Salinas Grandes se presentó una prevalencia de 5.2 % y una intensidad de 1.99 malformaciones por organismo. Los valores de malformaciones obtenidos en esta investigación son superiores a los reportados en otras playas de la región.