El monitoreo de las áreas protegidas y corredores biológicos a escala nacional es una necesidad para un manejo efectivo de sistemas ecológicos complejos, cambiantes y poco conocidos; además, es un requisito para el cumplimiento con las obligaciones de la Convención de Diversidad Biológica. El PROMEC-CR fue estructurado a partir de una revisión extensa de literatura científica y técnica sobre las bases conceptuales, el diseño y la implementación de programas de monitoreo ecológico; actualmente, se hacen esfuerzos por incorporarlo a la ley costarricense. PROMEC-CR es implementado por el Sistema Nacional de Áreas de Conservación del Ministerio del Ambiente, Energía y Telecomunicaciones. En su primera fase, el Programa evaluará el estado de conservación de la biodiversidad a escala nacional, a través de tres indicadores enfocados en la extensión y el grado de fragmentación de la cobertura de ecosistemas naturales y sus tasas de cambio, así como en la efectividad de manejo de las áreas protegidas. A la vez, se desarrollarán y probarán seis indicadores adicionales potenciales que ofrezcan una evaluación más integral de la biodiversidad, abarcando aspectos claves de los corredores biológicos, grupos faunísticos y dinámica de los bosques. La amenaza grave que representa el cambio climático será monitoreada directamente por un indicador y como componente explícito de todos los demás.