Se elaboró una propuesta metodológica para el análisis de vulnerabilidad del recurso hídrico para consumo humano, a nivel de todo el sistema, desde la zona de recarga en nacientes o fuentes, hasta la gestión administrativa de los acueductos.La metodología integra aspectos cualitativos y cuantitativos, bajo un enfoque sistémico e interdependiente, y consta de 10 componentes y 63 indicadores. La validación se hizo en tres sistemas de acueductos de la subcuenca del río Copán en Honduras: El Malcote-Don Cristóbal, El Estribo y Pinalito-Salitre. El análisis de la vulnerabilidad global de los sistemas permitió determinar que Pinalito-Salitre tiene una vulnerabilidad alta y los sistemas El Estribo y El Malcote-Don Cristóbal tienen vulnerabilidad media. La evaluación de los tres sistemas permite tomar decisiones para la priorización de acciones y la asignación de recursos, tanto a nivel del municipio como de la mancomunidad de municipios que los agrupa. La metodología permitió identificar y cuantificar los componentes del sistema y los indicadores en cada componente que son más críticos y vulnerables. De manera complementaria, se identificaron las medidas de adaptación practicadas a nivel local por los usuarios del agua. La metodología es una herramienta flexible que puede adaptarse a condiciones particulares.