Usando 52 características cuantitativas y 30 cualitativas de flores, mazorcas, semillas y hojas, se estudiaron 73 genotipos de cacao Nacional Boliviano en nueve fincas de cuatro localidades del Alto Beni, Bolivia. Estas mismas características se midieron en cinco clones internacionales representativos del complejo Forastero- Trinitario (EET 400, OC 77, PA 121, ICS 1, TJ 1). Se realizaron análisis de conglomerados y discriminante canónico para identificar y estudiar las diferencias y semejanzas entre el cacao Nacional Boliviano y los clones de referencia y entre subgrupos dentro del cacao Nacional Boliviano. Se evaluaron las diferencias entre grupos mediante análisis de varianza. El cacao Nacional Boliviano del Alto Beni comparte las principales características del grupo Forastero del Río Beni en la cuenca del Amazonas. Alto Beni es quizás el extremo sur de la distribución natural del grupo Forastero. A pesar de pertenecer a este complejo genético, el cacao Nacional Boliviano se diferenció de los cinco clones Forasteros y Trinitarios de referencia. Se identificaron dos subgrupos dentro de los 73 genotipos de cacao Nacional Boliviano, los cuales difirieron en las características de las flores, mazorcas y semillas. Se encontró una amplia variación entre subgrupos en 20 de las características cuantitativas evaluadas. Aunque se estudiaron genotipos en cuatro diferentes localidades, se detectaron solamente dos subgrupos, sugiriendo que las plantaciones de cacao Nacional Boliviano que existen hoy día en el Alto Beni provienen de pocas plantas y que hubo un amplio intercambio de semillas de cacao Nacional Boliviano entre localidades.