Se estimó el carbono almacenado en 50 sistemas agroforestales con cacao (SAF-cacao) de Waslala, Nicaragua. Los SAF-cacao almacenaron 91,45 (±31,44) t C ha-1 con una tasa de fijación de carbono total de 5,4 t C ha-1 año-1 y 2 t C ha-1 año-1 en biomasa aérea. Los compartimentos del SAF-cacao que más carbono almacenaron en orden descendente fueron: suelo (52,61%), biomasa aérea (plantas de cacao y árboles de sombra) (35,86%), raíces gruesas (7,52%), raíces finas (4,15%), necromasa (0,32%) y hojarasca (0,32%). El 56% de los SAF-cacao registraron niveles de carbono medio y alto y el 44% niveles bajo y muy bajo. Mediante un análisis de conglomerados a partir de las características de sitio y estructura del dosel, se conformaron cuatro grupos con diferentes contenidos de carbono; el suelo fue el de mayor aporte (más del 50% del carbono total fijado). Las variables que más aportaron en la diferenciación de los grupos de SAF-cacao fueron las relacionadas con la diversidad arbórea del dosel de sombra (número de especies, densidad, área basal, biomasa). Se valoró financieramente el aporte que percibirían los productores por secuestro de carbono, el cual se estimó en US$36 t C ha-1 año-1, valor correspondiente a la tasa anual de fijación de carbono aéreo. Los resultados podrían ser utilizados por organizaciones cacaoteras de Waslala para gestionar proyectos de pago por créditos de carbono.