En tres tipos de sistemas silvopastoriles (SSP), dos tipos de bosques remanentes y en potreros tradicionales, típicos de las fincas ganaderas de la subcuenca del río Copán, Honduras, se evaluó la diversidad de reptiles y la percepción local hacia las serpientes utilizando el transecto de ancho fijo y entrevistas semiestructuradas. Se registraron 56 especies de reptiles: 34 serpientes (seis venenosas y 28 no venenosas), 21 lagartijas y una tortuga. La riqueza total esperada correspondió a 78 especies. Se encontró diferencia en riqueza y abundancia de reptiles entre cuatro hábitats (p = 0,0001), resultando el bosque latifoliado con los mayores valores (s = 15, n = 109) y el potrero tradicional con los menores valores (s = 2, n = 4). Las serpientes no venenosas fueron percibidas como “buenas” y fueron identificadas con menor certeza. Las venenosas fueron percibidas como “malas” y fueron identificadas con mayor certeza. Se concluyó que la riqueza de reptiles en la subcuenca del río Copán es relativamente alta, correspondiendo al 24% del inventario actual de Honduras. La matriz agropecuaria del paisaje aportó el 70% de la diversidad de reptiles, resaltando el SSP de cercas vivas con el mayor índice de diversidad (Shannon), y los parches de bosque latifoliado el 30%. Se determinó correlación entre la diversidad de reptiles y árboles con diámetro a la altura del pecho (dap) < 10 cm, porcentaje de cobertura de hojarasca, número de estratos de cobertura vegetal, porcentaje de cobertura de copa y porcentaje de humedad relativa (p ≤ 0,05). Ningún productor indicó que el ofidismo sea desventaja en el SSP-potrero con árboles dispersos.