El manejo de una cuenca hidrográfica para generación hidroelétrica tiene sus diferencias con respecto al sistema convencional. En América Central, las cuencas que se utilizan para estos fines cuentan con reservorios o embalses. Sin embargo, por su diseño, son muy sensibles a los sedimentos y sin un manejo adecuado, su vida útil podría disminuir drásticamente. Otro factor que afecta el manejo de este tipo de cuencas son las múltiples instituciones que trabajan en ellas, porque tienen diversos enfoques sobre el manejo, su trabajo a veces es errático y la alta rotación del personal dificulta la continuidad de las actividades planificadas.