El virus del mosaico del Cymbidium (CymMV) y el virus de la mancha anillada de Odontoglossum (ORSV) son los agentes virales más importantes en orquídeas debido a su alta incidencia y a los daños económicos que causan. Ambos virus fueron detectados simultáneamente en orquídeas provenientes de dos viveros costarricenses por medio de la técnica TD/RT-PCR (Touchdown/Retrotranscription-Polimerase Chain Reaction). Los productos de PCR fueron analizados por electroforesis en geles de agarosa y por medio de un sistema de electroforesis automatizada por microchip (MultiNa-Shimadzu). El 52% de las 21 plantas analizadas resultaron positivas para la presencia de al menos uno de los dos virus. El CymMV presentó la mayor infección con 33%, en comparación con el 14% de plantas infectadas con el ORSV. Solamente una planta evidenció infección mixta por ambos virus. Se encontraron además dos plantas asintomáticas infectadas con el CymMV. Se detectó también la infección por CymMV en la orquídea Lycaste aromatica, una especie nativa de Costa Rica. La utilización de la técnica TD/RT-PCR en combinación con la electroforesis automatizada por microchip permitió detectar simultáneamente el CymMV y el ORSV con una mayor sensibilidad, rapidez y con menor costo en comparación con otras técnicas como el ELISA.