This work examines the establishment and operation of the Yaqui Sub-Prefecture, a poli­tical demarcation established in the Mexican state of Sonora, in 1853, for the purpose of pacifying local tribes, and promoting colonization and agricultural exploitation of its fer­tile valley. These objectives came up against strong resistance from indigenous people, who, through many kinds of action, drove settlers away and caused the sub-prefecture to be dissolved within a decade of its creation. From the standpoint of the new political his­tory, power structures are examined to identify the relationships between authorities and indigenous peoples, focusing especially on negotiations or resistance that occurred and how these factors determined the success or failure of colonization efforts.El presente trabajo analiza la creación y el funcionamiento de la Subprefectura del Yaqui, demarcación política que se creó en Sonora en 1853, con el objetivo de pacificar a sus pobladores e impulsar la colonización y la explotación agrícola de su fértil valle. Fue por esto que las autoridades se enfrentaron a una fuerte resistencia por parte de los indígenas, quienes, a través de diversos medios, ahuyentaron a los colonos y provocaron que la sub­prefectura desapareciera a una década de su creación. Partiendo de la nueva historia polí­tica se estudian las estructuras de poder para identificar las relaciones entre autoridades e indígenas, analizando, especialmente, las negociaciones o resistencias que se presentaron y la forma en que estas determinaron el éxito o el fracaso de la colonización.