Identificación y caracterización de variantes en los genes HOXC13 y HOXD13 de mujeres mexicanas con cáncer cervical

Abstract

RESUMEN: Introducción: A lo largo de varios años, el estudio de los genes HOX ha tomado fuerza. Su propia naturaleza, los ha hecho genes candidatos importantes, pues participan en diversos procesos biológicos normales, pero también se les ha visto involucrados en eventos anormales como el cáncer. La identificación de marcadores moleculares asociados al cáncer cervical (CC), forma parte de las estrategias para contribuir con el diagnóstico y la comprensión del mecanismo que da inicio a la enfermedad. Objetivo: Identificar y caracterizar variantes en los genes HOXC13 y HOXD13 de mujeres mexicanas con cáncer cervical. Material y Métodos: Se captaron un total de 46 biopsias y 4 muestras de sangre periférica de pacientes mexicanas con CC, posteriormente se extrajo el ADN y se amplificaron por PCR los genes HOXC13 y HOXD13. La búsqueda de variantes se llevó a cabo en los genes previamente amplificados mediante secuenciación directa de Sanger. Las frecuencias alélicas y genotípicas fueron determinadas tanto en pacientes, como en población general. Así mismo, se utilizaron 6 servidores bioinformáticos (PROVEAN, SIFT, Polyphen2, Mutation Taster, SNAP2 y PANTHER) para determinar el impacto funcional de las proteínas. Resultados: Fueron identificadas 9 variantes génicas no reportadas: c.2145 G>A, c.1682 G>A, c.1120 C>A, c.1172 C>A, c.895 C>A y c.777 C>T en HOXC13 y c.267 G>A, c.204 G>A y c.128 T>A, en HOXD13, de las cuales 3 no fueron identificadas en población general, 2 de ellas fueron catalogadas como mutación (c.777C>T p.(Arg259Arg), c.895C>A p.(Leu299Iso)), de las cuales la segunda obtuvo un resultado deletéreo; mientras que la variante c.128T>A p.(Phe43Tyr) figuró como un polimorfismo. Conclusiones: Se identificaron variantes génicas dentro de los genes HOXC13 y HOXD13 en pacientes mexicanas con CC que podrían representar un factor de riesgo para su desarrollo ABSTRACT: Introduction: Through the years, the study of HOX genes has become stronger. These genes are involved in many biological processes by their own nature, but also because they participate in abnormal processes such as cancer. Characterization of molecular markers associated with cervical cancer is part of the strategies that contributes to the diagnosis and enhance the understanding of the mechanism that initiates the disease. Aim: Identify and characterize variants in the HOXC13 and HOXD13 genes from Mexican women with cervical cancer. Material and Methods: For this study, we took a total of 46 biopsies and 4 peripheral blood samples from Mexican patients with CC, subsequently the DNA was extracted and the HOXC13 and HOXD13 genes were amplified by PCR. The identification of the variants within the previous genes was performed by direct Sanger sequencing. The allelic and genotypic frequencies were determined both in patients and in general population. Likewise, 6 bioinformatics servers (PROVEAN, SIFT, Polyphen2, Mutation Taster, SNAP2 and PANTHER) were used to determine the functional impact of the protein. Results: 9 de novo genetic variants were identified, not previously reported: c.2145 G>A, c.1682 G>A, c.1120 C>A, c.1172 C>A, c.895 C>A y c.777 C>T within HOXC13 and c.267 G>A, c.204 G>A y c.128 T>A, within HOXD13, of which 3 (c.777C>T p.(Arg259Arg), c.897C>A p.(Leu299Iso), c.128T>A p.(Phe43Tyr)) were not identified in the general population and 2 of them were identified as mutations (c.777C>T p.(Arg259Arg), c.895C>A p.(Leu299Iso)), of which the second resulted with a deleterious effect. While the variant c.128T>A p.(Phe43Tyr) was identified as a polymorphism. Conclusions: We identified genetic variants within the HOXC13 and HOXD13 genes in Mexican patients with cervical cancer that could represent an important risk factor for the development of the disease