Identificación de proteínas con función antigénica en Candidatus Liberibacter asiaticus relacionadas con el huanglongbing y su posible interacción en limón mexicano

Abstract

RESUMEN: El Huanglongbing (HLB) es una de las enfermedades más devastadoras de los cítricos a nivel mundial. Actualmente no existe una cura para esta enfermedad, solo la detección oportuna permitirá tomar las acciones necesarias. El método de detección oficial es la Reacción en Cadena de la Polimerasa en Tiempo Real (QT-PCR), el cual resulta costoso. Los métodos inmunológicos pueden ser aplicados tanto en campo como en el laboratorio, son sensibles y económicos, pero actualmente no existe un método inmunológico para la detección temprana del HLB. Por esta razón, el objetivo de esta investigación fue analizar proteínas de membrana externa con capacidad antigénica en el genoma de Candidatus Liberibacter asiaticus y su posible interacción con el HLB en el limón mexicano, para desarrollar un posible método inmunológico de detección. Se analizó in silico el genoma de Candidatus Liberibacter asiaticus, en las bases de datos del NCBI y UniProtKB, encontrando 20 proteínas de membrana externa, de las cuales, la predicción de los dominios funcionales clasifico a la proteína B8Y674, como potencial antigénico, además, se encontró repetida siete veces en el genoma, característica que la convierte en el blanco para cumplir con el objetivo de este trabajo. Con base en la secuencia de esta proteína se desarrollaron los juegos de iniciadores: F-B8Y674/R-B8Y674 y F-OMP674/R-OMP674, los cuales, resultaron eficientes para la amplificación de la proteína nombrada CGRQ14, presente en el genoma de Candidatus Liberibacter asiaticus que infecta al limón mexicano. La proteína CGRQ14 fue clonada y secuenciada, registrándose un 95% de identidad con la proteína BY8674 presente en el genoma de Candidatus Liberibacter asiaticus aislada de árboles de naranja. Se realizaron predicciones para la búsqueda de epítopos en la proteína CGRQ14, mediante la base de datos IEDB (http://www.iedb.org/), resultando más confiable el método de Escala de antigenicidad de Kolaskar y Tongaonkar, presentando un 95% de especificidad, obteniendo cinco epítopos validados experimentalmente con identidades entre 80%-90%. Esta es la primera investigación que se realiza para la predicción de proteínas de membrana externa con capacidad antigénica en el genoma de Candidatus Liberibacter asiaticus que infecta a limón mexicano.

ABSTRACT: The Huanglongbing (HLB) is one of the most devastating diseases of citrus worldwide. Currently, there is no cure for this disease, early detection only allowed to take the necessary actions. The official method of detection is the Polymerase Chain Reaction in Real Time (QT-PCR), which is costly. Immunological methods can be applied in the field and in the laboratory, are sensitive and inexpensive, but currently there is no immunological method for the early detection of HLB. The objective of this research was to analyze outer membrane proteins with antigenic capacity in the Candidatus Liberibacter asiaticus genome and its possible interaction with HLB in the Mexican lime, to develop a possible immunological detection method. Candidatus Liberibacter asiaticus genome was in silico analyzed in NCBI and UniProtKB portals, being 20 outer membrane proteins which, prediction of functional domains, the B8Y674 catalog protein antigenic potential as also was repeated seven times in the genome, a characteristic that becomes the target to meet the goal of this work. According to the sequence of this protein were developed sets of primer: F-B8Y674/R- B8Y674 and F- OMP674/R-OMP674, which, were effective for amplifying the CGRQ14 protein selected present in the Candidatus Liberibacter asiaticus genome infecting mexican lime. The CGRQ14 protein was cloned and sequenced, resulting in 95% identity with the BY8674 protein present in the Candidatus Liberibacter asiaticus genome isolated from orange trees. Predictions for finding epitopes in the CGRQ14 protein were performed by IEDB database (http://www.iedb.org/), resulting more reliable the Scale of Kolaskar and Tongaonkar antigenicity method, presenting a 95% specificity, obtaining five epitopes experimentally validated identities between 80% -90%. This is the first research performed to predict outer membrane proteins with antigenic capacity in the Candidatus Liberibacter asiaticus genome infecting mexican lime.