Otro
Amplificación de la región del DNA metagenómico que codifica para el rRNA 16S con el fin de analizar las comunidades microbianas del suelo del nevado de Toluca
Fecha
2016-10-14Autor
Hernández Borja, Karen Susana
Institución
Resumen
RESUMEN
Los microorganismos están involucrados en la mayoría de los procesos que ocurren en los suelos y dependen en gran medida de las propiedades que tenga y las transformaciones externas que sufra el suelo. Por lo que es de gran importancia conocer la diversidad y taxonomía de los microorganismos que lo conforman.
En este proyecto de investigación se realizaron genotecas a partir de dos metodologías distintas, extrayendo DNA metagenómico del suelo del Nevado de Toluca empleando tres tratamientos distintos con y sin fuente de carbono. El primer método utilizado consiste en lisis química y choque térmico para la lisis celular y el segundo método consiste en lisar las células enzimáticamente, con la finalidad de poder extraer la mayor cantidad de DNA metagenómico de diferentes microorganismos para la futura identificación taxonómica de éstos mediante el análisis de las secuencias rRNA 16S obtenidas por el método de pirosecuenciación
454.
Se realizó un pool de las muestras y posteriormente, se amplificó la región variable (V1-V6) del gen rRNA 16S bacteriano por medio de la PCR con los iniciadores 8-F (5´-AGA GTT TGA TCI TGG CTC A-3´) y 949-R (5´-CCG TCW ATT KCT TTG AGT T-3´).
Se obtuvieron amplicones con un tamaño de 500 pb y se realizaron dos genotecas obteniendo lecturas de los productos de PCR, por medio del NanoDropTM 3300
Fluorospectrometer (Thermo Scientific NanoDrop), mayores de 2 ng/mL
Dicho trabajo forma parte de un proyecto de investigación más amplio que pretende seguir con el análisis bioinformático de la pirosecuenciación obtenida para la identificación taxonómica de las bacterias presentes en el suelo del Nevado de Toluca.