Tesis
Análisis del patrón global de metilación del DNA en cáncer de mama en mujeres mexicanas
Fecha
26/06/2012Registro en:
Osorio Martínez, Elia Susana. (2010). Análisis del patrón global de metilación del DNA en cáncer de mama en mujeres mexicanas. (Maestría en Biomedicina y Biotecnología Molecular). Instituto Politécnico Nacional, Sección de Estudios de Posgrado e Investigación, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, México.
Autor
Osorio Martínez, Elia Susana
Institución
Resumen
ABSTRACT: Breast cancer is the first leading cause of death from malignant neoplasms in Mexican women. This is due to abnormal growth of cells lining the ducts and lobules of the breast, proliferation is accelerated, disorderly and uncontrolled due to genetic and epigenetic factors. Within the latter, DNA methylation is key in regulating gene expression is altered when it is associated with a variety of malignancies. The imbalance in the DNA methylation pattern was detected mainly in cancer cells, these include the loss of these normally methylated sequences (hypomethylation). Methylation of DNA in cells of breast cancer among Mexican women has been poorly studied in this paper analyzed the methylation pattern by the technique amplification of inter-methylated sites (AIMS / comparative genomic hybridization (PCR-CGH). We used frozen tissue samples of sporadic adenocarcinomas de novo treatment of different stages of breast and surrounding tissue unaffected. To determine intermetilados sites (AIMS) DNA was extracted from tissues by phenolchloroform method, after it was exposed to restriction enzymes Sma I and Xma I and the fragments obtained joined adapters and amplified by PCR . The ensuing comparative genomic hybridization to identify genome-wide methylation changes associated with cancer. DNA probes were labeled control sample and with different fluorophores which were hybridized with metaphase chromosomes, these were visualized using a fluorescence microscope and images were analyzed using the Isis software Axioimager, Karl Zeiss. The search for genes was performed in the database of NCBI Map Viewer. AIMS techniques were standardized, PCR and CGH, and analyzed 3 samples of DNA from tumor tissue and adjacent unaffected. The analysis in software revealed only in the sample of stage II, a hypermethylated region on chromosome 16 near the centromere, to make the comparison in the database for the Map Viewer crosomome it. Several genes as ORCL6, GTP2, DNAJA 2 e ITFG1 gene have been identified in this area, which by function and based in the literature could or associated with breast cancer. The gene described in more information related to cancer is the gene ORCL6, which is involucrate in DNA replication. RESUMEN: El cáncer de mama es la primera causa de muerte por neoplasias malignas en mujeres mexicanas. Ésta se debe al crecimiento anormal de las células que recubren a los conductos y a los lobulillos de la mama; la proliferación es acelerada, desordenada y no controlada debido a factores genéticos y epigenéticos. Dentro de estos últimos, la metilación del DNA, clave en la regulación de la expresión génica, cuando se encuentra alterada está asociada a una gran variedad de neoplasias. El desbalance en el patrón de metilación del DNA se ha detectado principalmente en celulas cancerosas, estos incluyen la pérdida de estas secuencias normalmente metiladas (hipometilación). La metilación de DNA en celulas de cáncer de mama en mujeres mexicanas ha sido poco estudiada por lo que en este trabajo se analizó el patrón de metilación mediante la técnica de amplificación de sitios intermetilados/hibridación genómica comparativa (PCR-CGH). Se utilizaron muestras de tejido congelado de adenocarcinomas esporádicos de novo al tratamiento de diferentes estadios así como tejido de mama adyacente no afectado. Para la determinación de sitios intermetilados (AIMS) se extrajo el DNA de los tejidos por el método de fenol-cloroformo, después éste se expuso a las enzimas de restricción Sma I y Xma I y los fragmentos obtenidos se unieron a adaptadores y amplificaron por PCR. Posteriormente se realizó la hibridación Genómica Comparativa para identificar en todo el genoma los cambios de metilación asociados al cáncer. Se marcaron sondas de DNA muestra y control con diferentes fluorocromos los cuales se hibridaron con cromosomas en metafase, estos se visualizaron empleando un microscopio de fluorescencia y las imágenes se analizaron con el software de Isis Axioimager, Karl Zeiss. La busqueda de genes se realizó en la base de datos de NCBI Map Viewer. Se estandarizaron las técnicas AIMS, PCR y CGH, y se analizaron 3 muestras de DNA de tejido tumoral y adyacente no afectado. El análisis en el softaware reveló, sólo en la muestra de la etapa II, una región hipermetilada en el cromosoma 16 cercana al centromero, al hacer la comparación en la base de datos de Map Viewer ésta corresponde al crosomoma 16q12.1. Varios genes como el gen ORCL6, GTP2, DNAJA 2 e ITFG1 han sido identificados en esta área, los cuales por su función y con base en la bibliografía consultada podrian o están relacionados con el cáncer de mama. El gen con mayor información descrita relacionado con el cáncer es el gen ORCL6, el cual está involucrado en la replicación del DNA.